决定孵化率的主要因素 卵是否成熟取决于亲贝蓄养过程中的水温和饵料的质量。而水温是通过锅炉人为控制并保证的，所以促使海湾扇贝亲贝成熟，饵料是主要因素。因此，在亲贝蓄养中，须保质保量的投喂饵料以满足其营养需要，加快其性腺成熟。只有亲贝性腺发育充分成熟，产出的卵才好，受精后孵化率才会很高。在亲贝蓄养中，几种饵料混合投喂比单一投喂效果更好。另外，人工蓄养的亲贝一般不会“过熟”，故在亲贝蓄养中要稳定亲贝，不要急于促其产卵，更不要采用人工刺激其产卵的方法，这样产出的卵即使孵化出幼虫亦会因体质不佳而成活率很低。因此，在海湾扇贝人工孵化中必须把亲贝蓄养好，让其充分成熟，方可采到大量的成熟的优质卵，才能提高孵化率。
海湾扇贝卵周围精子数量控制 由于海湾扇贝雌雄同体，因此其精子数量不易控制，不过在精卵排放过程中，一般是亲贝性腺雌部先排放，雌部排卵高峰过后，性腺慢慢进入排精高峰。根据这一特点，我可严格掌握好刚开始产卵的一段时间。当每小时每毫升排卵量达到50～80个，马上将亲贝移入他池。一般要掌握好第一批产出的卵，这时卵周围的精子量不太多，排卵后期，由于是以排放精子为主，而精子过多会造成胚胎畸型率增高，其孵化率必然很低，故这时的卵基本不能用于孵化，同时精子量过多亦会污染水质，影响孵化后幼体的生存。因此，在产卵时，最好先将池水加到2/3～3/4，产卵后再加满水，或用25微米的筛绢换水洗卵效果更佳。幼虫孵化率会大大提高，孵出的幼虫活泼、健康。
孵化用水处理 根据实践经验，水清环境下的孵化率高。在卵子孵化期间的用水，二次砂滤的要好于一次砂滤的。所以有条件的单位，海湾扇贝孵化用水和幼虫培育用水一样。一些单位由于在孵化时忽视了这一点而造成孵化率不高。因此在亲贝稳定到即将产卵时，须把亲贝、网箱洗刷干净，放入沉淀时间长、过滤好的水中，其孵化率会提高。同时对一些外界的物理条件如水温、盐度、pH值也要维持在适宜的孵化条件下。
提高海湾扇贝孵化率 由于水体中含有大量的细菌、真菌有害微生物，对受精卵的发育影响很大，再加上精子多，有害微生物易繁殖，因此在水体中加入1～2ppm的土霉素、氯霉素等抗菌素，可抑制或杀死有害微生物，以提高孵化率。但由于从胚胎发育时起就加入抗菌素，使其从小处于抗菌素液中，从而使其体内产生耐药性，为以后的疾病防治带来困难，所以各地要根据具体情况，适当加入抗菌素，浓度最好不超过4ppm。
乙二胺四乙酸二钠(EDTA)的应用 由于海水中含有一定的重金属离子如Hg2+、Cu2+、Zn2+、Cd2+等，特别是污染严重的海区浓度很大，而重属离子对胚胎发育危害很大，使胚胎发育畸形增多，孵化率也很低，因此要采用EDTA来螯合水中的重金属离子，从而减少其影响，提高孵化率。EDTA一般加到沉淀池中，其量为1～2ppm。