水产品的精深加工和综合利用是渔业生产活动的延续，水产品精深加工业具有高附加值、高科技含量、高市场占有率、高出口创汇率等特点，发展前景十分广阔。我国水产品深加工发展水平仍然较低，必须促进新技术应用，加快行业发展。
1我国水产品加工业水平低
我国水产品加工业依然停留在初级阶段，主要表现为：传统水产品加工大多以作坊式手工加工为主，加工比例较低且技术水平不高。
1.1废弃物利用率低
我国是个渔业大国，近年来，我国水产养殖业有了迅速的发展，渔业综合生产能力明显增强。但是，近年来每年因变质等原因被丢弃的水产品至少在3%以上，另有8%的低值水产品被用作动物饲料，能真正供给人类食用的仅为总产量的一半左右，远远不能满足人类的消费需求。
1.2深加工发展缓慢
近几年，我国水产食品深度加工已开始起步，但发展仍然缓慢，市场水产品小包装占有量仍小。出口水产品主打品种仍是速冻品、鱼类罐头、风干品和鲜活品等，出口值普遍较低。我国水产品资源丰富，年产量已达2900万吨，占世界总产量的25%，但产品加工形式单调，年出口创汇仅40亿美元，与世界水产大国的地位极不相称。一份数据显示，我国目前水产品加工比率不足33%，其中淡水产品不足5%，而世界渔业发达国家水产品近75%的产量来自深加工。因此，水产品加工业在我国有着广阔的市场空间和良好的市场前景。
1.3基础性研究重视不够
我国长期以来只重视水产品加工的应用性研究，忽视基础性研究，这是导致水产品深加工基础理论缺乏，从而影响我国水产品加工业持续发展的主要原因。
水产品深加工企业缺乏市场意识，生产经营与市场营销严重脱节。
2水产品深加工有利于提高经济效益
2.1有利于提高产品附加值
据宁波市海洋渔业局有关负责人介绍，传统的宁波市水产品加工以鲜活销售和冻、干品初加工为主，近年来逐步向精深加工及综合利用产品转化，开发了脱脂大黄鱼、烤鳗鱼、鱼糜和鱼糜制品、鱼排等水产食品以及鱼油等海洋保健产品，加工品种由20世纪80年代的八大系列近百个品种发展到现在的十二大系列数百个品种，极大提高了水产品的附加值。
浙江省最大的农副产品深加工基地之一的老板娘集团从海产品深加工起家，2006年销售收入达2.3亿元，其中4800万元来自海产品深加工。老板娘集团副总经理周碧辉介绍，养殖户将泥螺以每斤7毛钱的价格卖给收购企业，收购企业通过简单的脱泥、腌制再以每斤16元钱的价格卖给深加工厂，老板娘集团精加工后，300g一瓶的黄泥螺要卖到30元钱一瓶，相当于每斤50元，比最初的收购价涨了70多倍；最知名的老板娘蟹糊，在市场上的售价是300g150元，而最好的膏蟹收购价每斤也只需60元钱，一斤四两做一瓶蟹糊，成本仅为84元。老板娘集团每年从宁波、舟山等地收购1200多吨海产品，建立了“公司＋农户＋科技＋基地”的生产经营模式，解决了一大批海产品的销路问题。
2.2有利于充分利用水产品资源
根据国外经验，过去废弃或被用作动物饲料的低值水产品、小杂鱼等，可将其加工成精制食用鲜鱼浆，然后用鲜鱼浆加工出风味独特的鱼卷、鱼丸、鱼饼、鱼香肠、鱼糕及鱼点心等各色各样的方便食品。在国内，人民生活水平的不断提高，生活和工作节奏的不断加快，人们急于寻求某种营养丰富均衡，风味良好，美观卫生，方便价廉的食品，来代替传统的饮食方式，因此即食调理食品应运而生。自从上世纪末从日本等国家引进冷冻鱼糜制品生产线后，我国的鱼糜生产即从传统的手工加工状态跨入了工业化生产，目前已有几十条冷冻鱼糜制品生产线。可以以鱼糜为原料，进行风味化调理，可将低值水产品开发成为新型可微波方便食品。这些食品在鱼卷、鱼丸、鱼饼的基础上又更进了一步，不仅可供人们居家、旅游食用，而且更大大提高了低值水产品的利用率和附加值。
在我国传统的水产品加工中，几乎均是在产区集中三去（去内脏、去鳃、去鳞等下脚料），然后再分割处理，由于加工条件所限（去鳞、去骨、整形等机械的不完善），必然产生大量的下脚料，如果不进行有效的处理，不仅会造成环境的污染，而且浪费了宝贵的蛋白质资源。经测定，水产下脚料的蛋白质组成仍然较为完全，包括肌蛋白、肌原蛋白、肌动蛋白、胶元蛋白、粘蛋白、软骨蛋白和弹性蛋白等成分。而目前，这些废弃物的利用仅限于加工成鱼粉等低值制品，未能充分利用蛋白质资源。酶工程技术在水产品下脚料中的有效利用，结合脱腥脱臭等技术，开发必需氨基酸含量高且价格低廉的水产功能饮料，效益就大为改观。
2.3有利于开拓国际市场
由于产品加工技术相对落后以及没有规模化深加工的原因，长期以来我国大部分罗非鱼仅用于鲜销，市场供大于求。罗非鱼产品加工的技术研究落后于世界形势的发展，而且因为在加工的过程添加的多聚磷酸盐对人体具有一定的危害性，给国外的贸易保护性技术壁垒诸多借口；也给国外的贸易保护性技术壁垒诸多借口，罗非鱼的养殖业发展受到严重制约。
广西南宁市科技局针对这种情况，南宁中诺生物工程有限责任公司联合广西大学、广东海洋大学，以一种天然、安全的“生命之糖”——海藻糖为抗冻剂开发罗非鱼加工新工艺，应用于罗非鱼深加工。利用其优异的防止蛋白质冷冻变性和有效的减少液滴损失，不仅减少了化学合成添加剂对人体的影响，而且全面地提升了罗非鱼产品的品质，迎合了当今天然、健康的饮食理念；还对打破欧美、日等国家对中国水产品出口的技术壁垒有着重要作用，有利于提高中国罗非鱼产品的质量水平，增加国际竞争力。
2.4有利于提高上游养殖业抗风险能力
2000年宁波上千吨养殖大黄鱼滞销，2002年初大黄鱼的价格跌破了16元/kg。宁波市相关科研部门紧急完成了“养殖大黄鱼脱脂加工技术”，救活了整个产业。随着脱脂大黄鱼加工业的兴起，2002年底养殖大黄鱼的价格迅速回升到40元/kg左右。
3新技术为水产品深加工保驾护航
提高水产品加工的科技含量、开发多元化水产食品、产品加工向深加工方向发展，才是我国水产业发展的必由之路。
3.1真空冻干技术
我国传统的名贵海产品加工制品，如干贝、海参、鱼翅、海米等，几乎全都是采用干制（自然风干，工业热风干燥）的方法加工而成。但是，这种传统加工制品却有着不可忽视的缺陷：水溶性、热敏性营养成分损失较大；产品皱缩严重，复水困难，表面结壳龟裂，脂肪氧化，导致产品表面变色等，以上严重影响了产品的商品性和经济效益。冻干产品由于是低温升华干燥，对食品营养及质构的破坏均很小，因此产品在色泽、形状、气味、滋味和消化率上均与鲜品基本一致。再者，其加工成本仅为罐头制品和冷冻制品的两倍多，而冻干水产品的国际市场价格却是热风脱水产品的好几倍，经济效益十分可观。目前，真空冷冻干燥食品几乎风靡欧美、日本，冻干产品依靠它本身的品质优势，已经占据了不小的脱水食品市场。因此，将真空冻干技术应用于水产品的深加工是势在必行的。
3.2无菌包装技术
无菌包装技术就是将经过高温短时或瞬时灭菌的食品、在无菌环境中包装密封在事先经灭菌的容器中，使包装食品达到商业无菌要求的新型保藏加工技术。无菌包装技术不仅能保留传统保藏方法中的所有优点，如食用方便、能在常温下保质3～24个月等，还能大大提高产品的质量、增加花色品种、美化产品包装、节能降耗和提高劳动效率。
由于水产品深加工制品一般含水分较多（除干制品外），物理强度不高，属耐热性较低的加工物料，应避免长时加热杀菌，这样可获得色、香、味、形俱佳的高质量无菌产品，更接近现做现吃的厨房烹饪品，并能进行连续式的加工作业，以确保每一份产品的品质一致性；从加工效率来看，由于加工时间大大缩短，其加工效率较传统加工方法成倍提高；从产品理化指标看，能更多保留多种对人体有益的热敏型营养素，如各种维生素、氨基酸等。
无菌包装不仅能生产传统保藏技术所能生产的全部产品，而且产品质量将大大提高；它还以其独特的技术优势，极大地拓展水产品深加工领域，带来无限商机。可对体型较大的鱼类进行整条加工，尤其是名贵鱼类的加工，产品既美观，又有档次，符合礼品消费要求。利用低值鱼类生产鱼糜制品系列，是一项很有意义的工作，具有很高的加工附加值，但传统的冷藏和罐藏方法，使鱼糜制品应有的风味和口感受到极大损害，严重制约了行业发展，应用无菌包装技术可在保证品质质量的前提下，实现鱼糜制品周年生产，常温下流通销售。
鱼加工品可与豆腐、黑木耳、青（红）椒、香菇等多种蔬菜配伍，衍生出繁多的新品，这是传统加工方法无法实现的，而无菌包装可根据不同原料的受热性能差异，分别执行不同的杀菌公式进行灭菌，而不是传统加工方法的共同杀菌模式（以最难杀菌的原料为准），以确保每一种原料的最佳状态，使产品的质量达到或接近现做现吃的“理想”状态。
4促进我国水产品深加工的发展
水产品深加工要加强水产品深加工方面的基础性研究。水产品深加工质量认证体系要和国际接轨，要加强HACCP体系的普及和应用。最后，要进一步加强科技在水产品深加工中的应用。如加强生物工程和基因技术在水产品加工领域中的应用研究；采用“高压技术”和“栅栏技术”生产出不经高温杀菌就能较长时间保鲜的水产品加工产品。
水产品深加工还要注意开拓其他领域，不要只专注于水产食品这一单一领域。在进行方便、风味、模拟水产食品开发的同时，还要注意保健、美容水产食品等系列产品的开发。水产品深加工企业还要注意做好市场营销，以完成深加工后的市场开发工作。