近年来，随着水产养殖环境日趋恶化、病害频发，河蟹养殖效益大幅度下滑，严重影响了河蟹养殖者的养殖积极性。面对这种情况，水产科技人员进行了多方面的探索，在一些微生态制剂的应用技术上取得了一些进展。
微生态制剂根据用途可分为养殖环境调节剂、控制病原的微生态控制剂以及提高动物抗病力增进健康的饲料添加剂等三类。在实际生产中应根据不同的需要选择合适的制剂。预防动物常见疾病主要选用乳酸菌、片球菌、双歧杆菌等产乳酸类的细菌；促进动物快速生长、提高饲料效率则可选用以芽孢杆菌、乳酸杆菌、酵母菌和霉菌等制成的微生态制剂；如果以改善养殖环境为主要目的，应从以光合细菌、硝化细菌以及芽孢杆菌为主的微生态制剂中选择。目前，在河蟹养殖中我们以改善环境为重点，主要选用微生态制剂。
应用微生态制剂是环境调控、生物调控和结构调控的有机结合，可使动物、微生物和生态环境构成动态平衡，主要原理是改变微生态结构，增加有益微生物菌群，发挥其氧化、氨化、反硝化、解磷、硫化、固氮等作用，迅速分解养殖动物的排泄物、残存饲料、动植物残骸等有机物，有效降低了水体中氨氮和亚硝酸盐的浓度。有机物分解后的盐类为单细胞藻类生长繁殖提供了营养，单细胞藻类的光合作用，又补充提高了水体的溶解氧。由此，构筑、维持了良好的生态水环境。竞争性排斥病原菌，能有效地抑制致病微生物的繁衍，维护水中微生物菌群的生态平衡，避免河蟹遭受致病菌的侵袭而发病，而且还可产生或含有抗菌物质和多种免疫促进因子，活化机体的免疫系统，强化机体的应激反应，增强抵抗疾病能力，有效提高河蟹养殖的成活率和生长速度，并促进无公害食品的生产。
目前已在河蟹养殖中进行过试验的微生态制品主要有生物肥料、光合细菌、EM复合生态制剂等。
1.微生物肥料
生物肥料是一种新型的含有益微生物的高效复合肥料，一般由有机和无机营养物质、微量元素、有益菌群和生物素、肥料增效剂等复合组成。其在稻田河蟹养殖中应用，能有效供应给水稻所需的养分，避免使用普通肥料会影响河蟹生长的问题。在池塘养殖中使用，不仅能培肥水体，促进各种饵料生物的大量繁殖生长，又能改善水质，减少病害，有效避免泛塘，促进鱼、虾、蟹迅速生长。有关试验和使用表明，使用生物肥料养殖，其成本较传统的碳铵、磷肥低，但养殖效果明显优于传统的碳铵、磷肥养殖模式。
水产养殖应用生物肥料具有四大优点：一是来肥迅速、肥效持久。一般晴天上午使用，第二天即会产生水色变化，正常情况下肥效可持续10天左右。二是调节水质，改善底质。生物肥料中所含的微量元素除供给水生生物直接利用外，还可与水体底质中某些有害物质结合，解除其毒性，减少对所养殖河蟹的毒害。同时通过肥料中有益微生物的作用，可降低水体中的悬浮物，降解氨氮、硫化氢、亚硝酸盐等，对调节水质、改善底质也有很好的作用。三是增加溶解氧，减少浮头和泛塘。除水质调节能提高水体的溶解氧外，生物肥料中的生物素可提高藻类的新陈代谢，增强光合作用效率，合成较多的有机物和产生氧气，有效地避免缺氧现象。四是提高免疫能力，预防疾病。生物肥料的生产工艺，一般须经微生物固体发酵处理，肥料中的致病菌能被有效地抑制，其所含的微量元素能改善水生动物的生理机能，提高其免疫力，增强抗病力。同时，水体环境的改善、水中溶解氧含量的增加，也可以减少病害发生。
2.光合细菌
光合细菌，是一种能利用光能进行自养的水圈微生物。在自然界的淡水、海水中通常每毫升含有103～104个光合细菌，它们在水中光照条件下可直接利用有机酸、氨基酸、氨和糖类等有机物，并使自身得以增殖，同时净化了水体。在天然水域中光合细菌对污染水质的净化，维持适宜的水环境起着重要作用。同时增殖的光合细菌还是一些水生生物的饵料。据测定，光合细菌是营养成分很丰富的菌类之一，蛋白质含量高达65%，其氨基酸组成接近轮虫和枝角类蛋白，B族维生素种类齐全，尤其是B12、叶酸、生物素的含量相当高，是啤酒酵母和小球藻的20～60多倍，因此光合细菌还具有较高的饲料价值，在水生生物食物链中具有一定的作用。同时光合细菌与水中的放线菌共生使水域中有益菌群得以增殖，抑制了其他有害菌繁殖，也起到了预防疾病的作用。
人工养殖水环境中，水生生物的密度大，是自然界的几十倍至数百倍，在这个人工造成的异常环境中，养殖池中由施肥投饵及鱼虾排泄而造成的污染相当严重，使水中的有机物质增多，水质的各项理化指标严重超过正常养殖标准。在这种条件下只靠天然存在的少量的光合细菌远远满足不了养殖环境净化的要求。因此有必要在养殖水体中投入光合细菌，使其数量与有机污染物相对抗，起到改良水环境的作用。盘锦地区水产业中，淡水鱼和虾类养殖业者最先使用了光合细菌制剂，并取得了较好的成绩。随后部分河蟹养殖农户也在扣蟹和成蟹养殖中引入了光合细菌制剂，收到了较好的效果。盘锦光合水产有限公司曾在其所属的三角洲稻田扣蟹养殖地块中大面积使用了光合细菌制剂，并测定了相关数据。结果显示，使用光合细菌后，和对照组相比，水中有机物质和氨氮的含量明显降低，水中溶氧上升，pH值保持在适宜范围，氨氮、亚硝酸氮降低，水质明显得到了改善。在养殖过程中，实验组比对照组扣蟹患花盖病的比例低20％，最终平均单产实验组比对照组高16％，获得了较高的经济效益。
目前市面上出售的光合细菌制剂，每毫升菌液含菌体50亿～100亿。其使用方式可分为饲料用，拌入配合饵料或鲜料中投喂，促进河蟹发育；投入养殖水体中，可以净化水质，这种方式在河蟹养殖中是主要使用方式。光合细菌靠分裂繁殖，当条件适宜时，一昼夜可繁殖72代，增殖速度非常惊人。当水温在20℃以上时，可将商品菌稀释后洒入养殖池中，首次按15毫克/千克使用，以后每隔15～25天按2～5毫克/千克（视水质情况决定）使用，可有效降低水中有机耗氧量和氨氮、亚硝酸氮，对池塘水质净化的效果十分明显。
3.EM复合生态制剂
EM是有效微生物群的英文缩写，是日本琉球大学教授比嘉照夫于20世纪80年代初研制而成的微生态制剂，是由光合菌群、乳酸菌群、酵母菌群、革兰氏阳性放线菌群、发酵系的丝状菌群等80多种微生物复合培养而成的多功能菌群。其在实际应用中有以下作用：
（1）优势种群作用。有益微生物群与动物和环境之间构成的微生态系统内，微生物菌群的优势种群对整个菌群起决定作用，一旦失去了优势种群即优势种群发生更替，微生态平衡就会失调。使用EM的目的在于恢复原来的优势种群。研究者对病、健康畜禽不同肠道的正常微生物群进行了定性、定量分析，结果是：健康畜禽的优势种群为厌氧菌（占99%以上），而需氧菌及兼性厌氧菌只占1%，病态的畜禽其厌氧菌如双歧杆菌、乳酸杆菌、消化球菌等专性厌氧菌显著减少（P＜0.01），而兼性厌氧菌中大肠杆菌等显著增加（P＞0.01）。当投服EM后，乳酸杆菌等专性厌氧菌逐渐增加，恢复正常状态，而大肠杆菌等逐渐减少，恢复至原有状态，微生态达到平衡。
（2）微生物的夺氧作用。EM菌种进入动物消化道后生长繁殖，消耗肠内的氧气，使局部环境的氧分子浓度降低，氧化还原电势下降，造成厌氧环境，利于专性厌氧菌的定植和生长繁殖，而需氧菌和兼性厌氧菌下降，使肠内正常微生物之间恢复平衡状态，达到治病的目的。
（3）生物屏障作用。生物屏障是指正常微生物群定植黏膜、皮肤等表面形成生物膜，可以阻止病原微生物的定植，起占位、争夺营养、互利共生等作用。使用EM微生态制剂可以增强机体生物屏障作用。
（4）生物拮抗作用。有益菌产生有机酸，如乳酸、乙酸、丙酸，可降低肠道微环境中的pH值，不利于病原微生物增殖；产生的过氧化氢，对多种潜在的病原微生物有杀灭作用；能防止产生有害物质如氨和肽；能合成多种酶类，同时降解食物中的碳水化合物，提高饲料的消化率；能产生多种营养物质，如B族维生素及维生素K，氨基酸促生长因子；能产生抗生素。
（5）促进动物组织器官生理机能作用。如用芽孢菌饲喂肉仔鸡后，对同一部位的小肠扫描电镜结果，试验组鸡的小肠黏膜皱褶增大、绒毛增长、腺窝加深、小肠吸收面积增大，使饲料被充分消化吸收，为肉鸡增重提供了生理基础。
由于EM复合生态制剂的菌群结构复杂，作用机理多样，其用途也比较广泛，既可作为环境修复和防病制剂，大面积在水体中使用，也可以作为饵料添加剂使用，均有比较明显的效果。大洼县新开镇河蟹养殖户在池塘成蟹养殖过程中曾发生纤毛虫病害，使用EM复合生态制剂和市售的一种治疗纤毛虫药物进行全池泼洒治疗对比试验，根据最终结果他认为：EM复合生态制剂净化池水，改变过肥之水效果明显，0.75ppm的稀释液就能起到较好的作用；对纤毛虫病有明显的抑制作用，并且使用EM复合生态制剂越早效果越好；具有较明显的促生长作用，可提高产量和个体重量；根据对比结果显示，EM复合生态制剂的效果较好。
根据盘锦光合水产有限公司提供的资料显示，在稻田、苇塘大面积河蟹养殖中，全程坚持使用EM复合生态制剂浸泡饲料，同时在河蟹活动较为密集的环沟中泼洒EM复合生态制剂，形成小范围水体内的有益菌优势，可以促进扣蟹健康生长，提高扣蟹成活率；同时在养殖中未使用任何抗菌素药物，未发生明显病害，并且河蟹体色自然，活力强，肉质丰满鲜美。所以，使用EM复合生态制剂是生产绿色食品的有效措施，符合生产绿色无公害农产品的要求。
微生态制剂和生物肥料在河蟹养殖上的使用，需注意三点：一是环境是否适合有益菌的生存和繁殖，如果同时使用消毒剂、抗生素或使用间隔时间短等，会降低作用效果，一般应间隔至少在5天以上。二是有益菌的活化和繁殖，需要耗氧，因此，施用时间最好在晴天上午，则能发挥出较理想的作用和效果。三是应使有益菌尽快形成优势并能持续，所以，所含活菌数要达到一定的指标，首次使用和换水后使用用量要足，并坚持长期连续使用，效果可达最佳。同时，微生态制剂在河蟹的整个生长过程都可以使用，但不同的生长时期其作用效果不尽相同。在幼体阶段，体内微生态平衡尚未完全建立，抵抗疾病的能力较弱，此时引入有益微生物，可较快地进入体内，占据附着点，效果最佳。另外在运输、饲料转变、天气突变和饲养环境恶劣等应激条件下，体内微生态平衡遭到破坏，使用微生态制剂对形成优势种群极为有利，因此，把握微生态制剂的应用时机，尽早并长期饲喂，其效果容易得到充分体现。