塘虱鱼胡子鲶混养过程中，由于密度低，发生病害的机率较低，但在高密度纯养生产中，从投苗到收获都会随时发生各种病害。因此，在纯养过程中，病害预防工作尤为重要。在日常管理工作上，必须在鱼苗投放时，做好鱼体消毒。常用食盐兑水1：30，即是1公斤盐用30公斤水，把下塘前的鱼苗浸泡20分钟后，才可放苗。鱼苗下塘时，运输过的鱼苗因塘水温度相差大，会出现“痉腰”症状（俗称“硬身”）。鱼苗下塘前，必须用桶将塘水慢慢冲入运鱼苗的桶内，使水温慢慢平衡，才可放鱼苗落塘。
鱼苗下塘后，投喂的饲料与育苗的饲料有改变，经常会在放养几天内出现肠道病，造成大量死鱼。因此，从放苗后第一次投料用6—10克红霉素拌入1公斤饲料中投喂，每天1次，连续五天。
胡子鲶养殖过程中，危害最大的是病毒性烂皮病。此病多在鱼苗放养一个月后，体重１两左右时出现。病鱼体表出现水泡，鱼鳍基部充血，出现腐烂，严重者全身溃疡，此时会出现大量死鱼直到全军覆灭。因此，要定期用生石灰兑水全塘泼洒，每亩用10—15公斤石灰，连用15天为一次。如果出现此病时，大部分都没办法将病情控制，此病只有在日常管理上定期用药，做好预防为主。