(1)肠胃炎病
病因及症状：一般认为是细菌性疾病。症状表现为海马离群缓游，不摄食，身体弯曲，腹部膨胀。严重时肛门松弛突出，轻压腹部有白色黏液从肛门流出。镜检观察可见胃肠内壁红肿发炎，并有白色泡沫状黏液。这是海马养殖的常见病害，且传染性强，死亡率高。20天以内的海马幼苗最易感染此病，在幼鱼及成鱼阶段也有发现。5～10月为该病的多发期，6～9月高水温期尤为突出。
防治方法：①保持水质清洁，饵料新鲜，经常换水，并及时清除池底残饵粪便，以减少细菌繁殖。②养殖池和工具在每次使用前用(20～30)×10-6高锰酸钾溶液浸泡或用(100～200)×10-6漂白粉溶液彻底消毒。③饵料投喂时要控制投饵量，充分清洗干净，并在2×10-6浓度的土霉素溶液中浸洗30分钟。海马成鱼阶段，用磺胺0.5克研成粉末，加水120～150毫升，放25克毛虾干浸泡0.5小时后投喂，每天喂2次，连续喂3～5天，每隔半个月进行1次，可以起到明显的预防作用。④每隔7天向培育水体泼洒2×10-6的痢特灵、诺氟沙星等药剂。
治疗方法：①用50×10-6土霉素或40×10-6青霉素浸浴病鱼30分钟，每天1次，连续3天。②病情严重的用土霉素0.5克溶于10毫升凉开水中，用经过消毒的磨平的注射针头吸取，轻轻插入海马喉部到鳃盖部止(过深会触伤心脏)，每尾海马每次注射灌药0.5毫升，每天1次，连续5～7天，此法治愈率较高。
(2)车轮虫病
病因及症状：主要为车轮虫寄生在海马鳃上引起，春秋季为发病高峰期。车轮虫集中寄生在鳃的边缘或鳃丝的缝隙里，数量多时，破坏鳃组织，使鳃组织腐烂，妨碍海马的呼吸。
防治方法：①用8×10-6硫酸铜和10×10-6高锰酸钾混合液浸浴病鱼15分钟。②选用0.7×10-6硫酸铜和硫酸亚铁合剂(5∶2)全池浸浴。
(3)肤毛病
病因及病状：该病由水螅(Bougainvilidae)或聚缩虫(Zootharnniumsp.)大量寄生而引起，海马养殖中各个阶段均有发现，但对海马苗体危害较重。患病海马体表可见一层黄色或黄白色的毛层包裹，呈“毛毛虫”状。海马为了摆脱不停挣扎，游动受阻，影响索饵，直至体弱而死。
防治方法：此病症状较明显，发现后立即用千分之一浓度的甲醛海水溶液浸浴20～30分钟，24小时后检查，如寄生生物仍未脱落，再用该方法处理1次，一般经过1～2次处理即可去除。
(4)胀鳃病
病因及症状：此病多发生在光照过强或短时期光照强度变化过大及氧气不足的情况下，冬季发病率较高。患病时海马腹部膨胀，侧卧浮于水表，解剖后可见鳔囊肿大，充满整个腹部。由于海马不能自由游泳觅食，生长速度明显减慢。
防治方法：①平时注意水质的变化，保持水质清新，溶氧充足，晴天及时遮阴。②出现病体后采取上述注射灌药法，用土霉素和小苏打各1片(0.25克)，研成粉状溶于10毫升凉开水中，每尾海马灌0.5毫升。
(5)气泡病
病因及症状：此病在光线过强、水体中浮游藻类生长过盛时较多见。藻类光合作用时产生的气体在水中形成小气泡，吸附在海马的体表或被海马误作食物吞入消化道，引起此病。患病个体头吻部及全身皮肤或肠道生成气泡，漂浮于水面，运动、摄食受到影响，一定时间后海马因呼吸受阻或饥饿而死亡。
防治方法：①此病应以防为主，保持水质清洁，经常换水，减少藻类繁生，同时应避免阳光直射。②发病后用经过消毒的长针刺破气泡放出气体。③用0.24%的生石灰水浸浴10分钟，或用1%～2%漂白粉液浸浴5～8分钟，然后立即移至清洁海水池中。
(6)盲眼症
病因及症状：室内养殖中海马在长时间的弱光照条件下，会表现出反应迟钝，运动缓慢，无方向性，摄食主动性差，视力下降的症状，严重者失明。
防治方法：调节光照强度，控制在3 000～5 000流明之间，但不宜过强，否则会引起气泡病、胀鳔等疾病。幼苗期夜间照明时应注意防止海马因趋光聚集，造成局部缺氧而出现死亡。
(7)水霉病
病因及症状：8～11月较为多见。主要是水质过于浑浊不洁而引起的。发病海马表皮附着一层灰白色纤维，似毛状，鱼体受刺激后常作挣扎摆动，呼吸缓慢。防治方法：预防此病，必须勤换水。如海水浑浊不清，应用100目筛绢过滤或沉淀后使用。
防治方法：对已患病的海马要立即治疗。可取淡水100千克，装入缸里，然后将生病的海马放入淡水中浸泡10分钟(如果浸泡时间超过20分钟，海马就会死亡)，然后立即捞出再放入养育池内。经过2～3次浸泡，水霉病即可冻死，并且自行脱落。