本属的种类，细胞单生或由壳面相互连接形成带状群体。细胞带面观呈长方形或线形，常具间生带(intercalary band)，隔片(septum)缺如。壳面呈弓形或弯线形等，壳面的长轴 (longitudinal axis )或顶轴 (apical axis)不对称。通常背缘 (dorsal margin)拱形或波状弯曲，腹缘 (ventral margin)直或略凹入。壳缝短，常仅出现在壳面末端或近末端的端节上，斜向腹缘。端节的形状与大小在不同种类中颇有变化。无中央节。有的种类具有清晰线形的假壳缝 (pseudoraphe)或假壳缝紧贴着腹缘，与两个端节相连。横线纹常为不明显的点纹相连排列而成的，在壳面上通常呈平行排列，近壳面末端略呈辐射状排列。 细胞含2个大的片状色素体。 生殖方式： 由2个母细胞结合形成1个复大孢子。 生境： 本属的种类为淡水种类，通常生长在钙质及氯化物含量少的湖泊、河流及池塘等软水水体中或温泉的石壁上。是寡污型及清洁水体的常见种类。有些种类在热带和亚热带地区生长，有的则在北部的寒带地区出现，因此本属的种类具明显的地理分布特点。但多数种类为广布种。 本属在辽宁共发现22种11变种1变型，其中1种为我国现代硅藻中首次记录，12种8变种1变型为辽宁首次记录。
短缝藻属分种检索表
1.壳面的背缘或腹缘，或背、腹两壳缘呈肿胀或波峰状………2 1.壳面的背缘无肿胀或波峰状………16 2.壳面的背缘或腹缘具波峰状………3 2.壳面的背腹缘的中央各具1个微突，较大型种，壳面线形，长58.5～98.6μm………13b.篦形短缝藻 (腹凸变种) E. pectinalis var. ventralis 3.壳面背缘具2波峰 ………4 3.壳面背缘具3波峰 ………11 4.壳面末端圆截形或截形………5 4.壳面末端钝圆形、圆形、圆头形或喙状………9 5.壳面背缘具2个明显乳波峰，背缘的短线间插于长线纹之间 ………6 5.壳面背缘不呈明显的乳波峰，背缘无或具2～3条短线纹插于长线纹之间………7 6.壳面腹缘略凹入………18.瑞典短缝藻E. suecica 6.壳面腹缘强烈凹入………12.乳头状短缝藻E. papilio 7.壳体小型，壳面长6～24μm ………2a.双凸短缝藻(短小变种) E. bigibba var. pumila 7.壳体略大些，壳面长17.5～67μm ………8 8.壳面线纹排列较疏松，在10μm内有线纹8～12条………14a.岩壁短缝藻 (双齿变种) E. praerupta var. bidens 8.壳面线纹排列较紧密，在10μm内有线纹12～18条………2.双凸短缝藻(原变种) E. bigibba var. bigibba 9.壳面末端较宽，约等于或大于壳面中部的一半宽度………10 9.壳面末端略窄些，其宽度小于壳面中部的一半宽度………11 10.壳面末端约等于壳面中部的一半宽度，壳面线纹排列较紧密，在10μm内有线纹13～17条………4.二峰短缝藻 (原变种)E. diodon var. diodon 10.壳面末端约等于壳面中部的2/3宽度，壳面腹缘平直或微凹，末端喙状，线纹在10μm内有9～15条………1a.弧形短缝藻 (双齿变种) E. arcus var. bidens 11.壳面背缘中部凹陷较深，形成双体状，末端粗短钝圆，在10μm内有线纹12～13条………15.锯形短缝藻 (双体变种) E. serra var. diadema 11.壳面背缘中部凹陷较浅，未形成双体状 ………12 12.壳面末端的宽度大于壳面中部的一半宽度 ………14 12.壳面末端小于壳面中部宽度的一半 ………13 13.壳体末端钝尖，腹缘平直，在10μm内有线纹18～19条………20a.三齿短缝藻 (极小变种) E. tridentuea var. perpusilla 13.壳体末端钝圆或尖状，腹缘凹陷，在10μm内有线纹10～12条………6.六凸短缝藻E.hexaglyphis 14.壳面背缘的波峰凸出呈锯齿状 ………15.锯形短缝藻 (原变种) E.serra var. serra 14.壳面背缘不呈锯齿状 ………15 15.末端头状，壳面长15～20μm ………20.三齿短缝藻 (原变种) E. tridentula 15.末端头状，壳面长9～26μm，背缘具3～4个波峰，在10μm内有线纹17～20条………20.三齿短缝藻及其变种E.tridentula and var. perpusilla 16.壳面顶端不从壳体主要部分分开 ………17 16.壳面顶端明显地从壳体主要部分分开 ………29 17.壳面背、腹缘呈平行状，末端钝圆或头状，其宽度几乎与壳面主要部分宽度相等 ………18 17.壳面形状别样 ………20 18.壳面端节的上方或下方有一短细线向壳面中部延伸 ………19 18.壳面端节无细线延伸 ………11.平行短缝藻E. parallela 19.短细线从端节上方向壳面中央延伸 ………5.弯曲短缝藻E.flexuosa 19.短细线从端节下方，紧贴腹缘向壳面中央延伸 ………3.柯林短缝藻E.collinsii 20.壳面略呈弧形的窄披针形或线形，向两端逐渐变窄成喙状，壳面长与宽的比率在17：1或27：1以上 ………10.纳格短缝藻E.naegelii 20.壳面略宽些 ………21 21.壳面的细胞壁明显加厚或仅在腹缘的部分细胞壁加厚 ………22 21.壳面的细胞壁无加厚 ………23 22.壳面弯线形，背、腹缘的细胞壁明显加厚 ………21.强壮短缝藻E.valida 22.壳面宽半月形，仅腹缘部分细胞壁加厚………22.范休克短缝藻及其变种E. vanheurckiiandvar. vanheurckii 23.小型种类 ………24 23.稍大些种类 ………25 24.壳面末端喙状或渐尖，线纹在10μm内有8～12条………17.苏台德短缝藻E. sudetica 24.壳面末端钝形或圆头状，背缘略呈弧形弯曲，腹缘平直或略凹………19.柔弱短缝藻E.tenella 25.壳面末端的背缘强度反曲，壳体略小型，壳面长26～78μm，末端圆角形，腹缘略凹入，线纹在10μm内有12～15条 ………1.弧形短缝藻 (原变种) E. arcus var.arcus 25.壳面末端不呈反曲状 ………26 26.腹缘略平直或微凹 ………27 26.腹缘明显凹入，末端钝圆 ………28 27.壳面末端钝圆，腹缘微凹 ………13a.篦形短缝藻 (较小变种) E. pectinalis var. minor 27.壳面末端圆头状，壳面粗长，35～220μm，长与宽之比约为7～14：11………8.大型短缝藻E.major 28.壳面弯曲月形，弯曲较大 ……… 7.月形短缝藻 (原变种) E.lunaris var. lunaris 28.壳面近弧形，弯度略小些 ……… 7b.月形短缝藻 (近弧曲变种) E.lunaris var. subarcuata 29.壳面末端圆截形，其宽度约为壳面中部的2/3宽，壳面背缘略呈弧形………14.岩壁短缝藻(原变种) E. praerupta var. praerupta 29.壳面末端较小，喙头状、圆形或圆头形，其宽度约为壳面中部的一半或小于一半的宽 ……… 30 30.壳面较细长，腹缘略凹入或平直 …… 13.篦形短缝藻 (原变种) E. pectinalis var. pectinalis 30.壳面较粗短，腹缘凹入或略平直 ………31 31.腹缘略平直，在背缘横线纹间有1～3条短线纹出现………16.近单峰短缝藻E. submonodon 31.腹缘凹入，在背缘横线纹间无短线纹出现………9.单峰短缝藻 (原变种) E. monodon var. monodon