半滑舌鳎属于暖温性鱼类，繁殖期间水温高，病原生物繁殖旺盛，整个育苗期间，要建立严格的阻止病原传播的措施。育苗的工具要专池专用，对共用的工具要消毒清洗。苗种病害以预防为主，平时多注意观察，发现病兆提前采取防治措施。在苗种的开口和变态环节进行土霉素药浴预防，降低生产过程中疾病发生率。
半滑舌鳎受精卵孵化时间短，幼体发育生长快，苗种培育过程中由于进程快，病害比较轻，目前没发生严重的病害现象，整个苗种培育过程进展顺利。育苗中主要的危害是水质过滤不彻底，细小悬浮物较多。半滑舌鳎苗种游泳速度慢，特别是变态伏底后，活动程度更低，平时伏底不动，摄食时活动或偶有活动，活动也是伏底或是附壁缓慢移动，身上容易附集污物，影响摄食和生长;同时半滑舌鳎培育池吸底清污困难，鱼苗伏底不游动，吸底时容易伤害幼鱼，造成鱼体受伤死亡。防治措施是加强水质管理，加大换水量，保持水质清洁，吸底清污时操作缓慢仔细，避免伤害鱼体。
1.外伤和畸形
发病时间：孵化后6～8天，体长6.01～6.29毫米。
主要症状：稚鱼尾部卷曲，性情不安，在水中进行螺旋状游动。镜检发现，部分患病仔鱼背鳍或臀鳍鳍膜有明显折叠和破裂;部分病鱼尾部变短粗，尾部体膜增厚，少数鱼冠状幼鳍歪斜或变粗短，可造成稚鱼大量死亡。
防治措施：及时分池、疏苗，降低养殖密度。换水及投饵操作中注意避免对仔鱼的损伤，注意保持水环境稳定，如光照、水体温度、pH值、溶解氧含量等。此措施效果明显，可以有效防止此病的发生和稚鱼的死亡。
2.腹水病
发病时间：孵化后13～15天和21～23天的稚鱼，体长分别为7.8～9.4毫米和11.0～12.6毫米。
主要症状：幼体反应迟钝，游动缓慢，体色略白。镜检发现，鱼体鳔泡膨大，占腹腔的1/3～1/2，致使腹部变形，肠道被挤成一团，个别的被挤出体外。严重者腹内浑浊、发白，肠胃模糊不清。发病初期少量稚鱼死亡，1星期后出现较大量稚鱼死亡。
防治措施：降低养殖密度，加大换水量，及时投喂足量的新鲜卤虫无节幼体，进行2×10-6土霉素药浴效果明显，病情可得到及时控制。
3.腹胀病
该病为半滑舌鳎苗种培育期的特有疾病，在其他鱼类苗种培育期未见此类疾病的报道。
发病时间：孵化后29～33天，鱼体长14.8～17.0毫米。该病见于处于变态期稚鱼，此时卤虫无节幼体开始投喂不久，稚鱼正由浮游生活逐渐变态，转为底层生活。
主要症状：幼体反应迟钝，缓慢漂游于水表层，肉眼观察极似腹水病。腹部膨胀并呈橘红或暗灰色。镜检发现，鱼体鳔泡收缩，胃肠充满橘红色卤虫幼体及不易消化的卤虫卵壳，个别病鱼肠道破裂。严重时，造成稚鱼大量死亡，死亡率近100%。
防治措施：除加大换水量外，还可改善投饵方式，清除饵料 中的杂物和卤虫卵壳。适度增大投饵量，投饵次数每天2～3 次。继续施用2×10-6土霉素药浴，每日加投1×10-6～2× 10-6食母生。