本亚门分为尾海鞘纲、海鞘纲、樽海鞘纲和深水鞘纲，共记载种类3 050余种，在我国沿海有65种。 (一)尾海鞘纲(Appendicularia) 尾海鞘纲，也称幼形纲(Larvacea)，形似蝌蚪，终生具脊索和神经管，鳃裂1对，为一群终生营浮游生活的小型种类，全球现生种类分1目3科，共67种。在我国沿海有住筒虫科(Fritillariidae)和住囊虫科(Oikopleuridae)，共记载25种，常见的有尾海鞘(Appendicularia)和住囊虫(Oikopleura)。 (二)海鞘纲(Ascidiacea) 海鞘纲动物形态大小不等，幼体形似蝌蚪营浮游生活，变态后发育为成体营单体或群体固着生活，被囊厚，多鳃裂。全球记载有近2 900种，在我国沿海只记载74种。常见的有柄海鞘(Styela)和菊海鞘(Botryllus)，前者为单体(图7.4A)，后者为群体。
A. 柄海鞘;B. 樽海鞘 图7.4 常见海鞘(自赵盛龙)
(三)樽海鞘纲(Thaliacea) 樽海鞘纲种类体呈桶形，大小不等，被囊透明，其上有环状肌肉带。生活史中有世代交替现象，记载有3目，共82种(图7.4B)。 (四)深水鞘纲(Sorberacea) 深水鞘纲物种为近年新发现的深海小型肉食性种类，成体保留了背神经管，咽短而小，鳃腔很大，内有3对宽大的鳃裂，单体生活，体长20～60 mm，分布于深海，捕食线虫及小型甲壳动物。仅有1目1科3属，共8种。