黄藻门物种的共同特征：色素体内不含叶绿素b，由于其色素体内含有较多 的叶黄素而呈现出黄绿色(但并不呈现出黄的颜色);光合作用的产物为油和金 藻昆布糖，不产生淀粉;营养细胞的细胞壁通常由两部分复合而成;运动细胞和 生殖细胞具有2根顶生、长度不等、结构不同的鞭毛。这也是黄藻门与其他门 的主要区别。
黄藻门物种的藻体形态结构类型与绿藻门较相似，有由单细胞体向多细胞 丝状体演化的多种类型，也有的种的藻体结构为多核管状体。
黄藻门物种绝大多数为陆生，在淡水中漂浮或附着在其他生物体表面生活; 在土壤内、土壤表面通常与苔、藓类混生在一起;在潮湿的树干和墙壁上气生。海 生物种极少，主要分布在潮间带的石沼内和泥土表面，少数营浮游生活。
黄藻门约有75属375个种。目前，中国海域仅报道3属3种。