1. 细胞壁
绝大多数隐藻没有纤维素的细胞壁，而是有两层结构的周质膜。只有不具 鞭毛的单细胞种——四角隐球藻Tetragonidium verrucatum具有纤维素的细 胞壁。
2. 细胞核
细胞内含一个核，核圆球形，有明显的核膜，一个大的核质和无数的染色体 颗粒。细胞核通常位于细胞中部或后半部的中央。
3.色素体及色素
细胞内通常含有1～2个色素体，其内有松散的、成对的类囊体。色素体与 细胞核被共同的被膜所包围。色素体位于细胞的两侧。在Cyanomonas属中， 细胞内含有小型的、数量较多的色素体。
迄今，对隐藻所含色素成分尚未了解清楚。已知除含有叶绿素a、叶绿素c 外，还有α-胡萝卜素、叶黄素中的甲藻黄素(甲藻门所含的甲藻素中是没有的， Nakayma，1962)、藻胆素中的藻红蛋白和藻蓝蛋白。由于不同物种所含色素的 含量比例不同，不同物种的体色有很大的变化。有褐色、褐绿色、红褐色、红色、 蓝绿色到蓝色等。后两种体色是由藻胆素中的藻红蛋白和藻蓝蛋白所决定的。 但有些属的物种是无色的。
4. 淀粉核
淀粉核1至多个，色素体内的淀 粉核没有淀粉鞘，位于细胞后半部; 另外还有游离的、外被淀粉层的淀粉 核。
5. 储藏物质
隐藻的储藏物质为淀粉或类似 淀粉的物质。油类以小滴的形式贮 存于细胞质中。
6.鞭毛
运动型藻体和生殖细胞都有两 根几乎等长的鞭毛。鞭毛的结构为 “茸鞭型”，其中一根鞭毛轴丝的两侧 生有等长的鞭丝，另一根鞭毛仅在轴 丝的一侧生有较短的鞭丝。鞭毛着 生于细胞前端一侧，或从口沟中伸 出，少数物种的鞭毛着生在细胞的侧 面(图5-2b)。
7. 伸缩泡
伸缩泡1～2个，位于细胞前端。
图5-2为隐藻细胞结构的示意 图。
图5-2 隐藻细胞结构 示意图(引自R.E.Lee，1980)
A.光学显微镜观察下的隐藻
B.电子显微镜观察下的隐藻细胞结构示意图
CE.色素体被膜;CER.色素体内质网;
CM.Corps de Maupas;E.驱体(器);
F.鞭毛;L.脂类;M.线粒体;
N.细胞核;P.淀粉核;S.淀粉