藻体单细胞，少数为不定群体。细胞卵形或肾形，大多不对称，背腹扁平。 侧面观：背面隆起;腹面前端近中央处略有内凹，由此向细胞中部延伸成一浅沟 (至细胞后半部已不明显)，许多属的物种在此位置，具有明显而特殊的、深入到 细胞内的口沟(咽喉)。口沟两侧有微细的、强折光的小颗粒(丝胞trichocystis， 驱体ejiectosome)，当细胞受外界伤害时，丝胞能向口沟内伸出长丝。细胞前端 着生两根几乎等长的鞭毛，鞭毛的长度与细胞的高度相近(图5-1)。
图5-1 隐藻藻体不同的形态(引自B.Fott，1971)
A.弯隐藻 B.草履缘胞藻 C.尾色胞藻
D.森氏藻 E.尖眼藻 F.杯胞藻