红藻门分为原红藻纲Protofllorideae和真红藻纲Florideae两个纲。两纲 的主要区别如下：
原红藻纲，藻体简单，多为单细胞、丝状体或膜状体，散生长，细胞间无孔状 联系，无性繁殖产生中性孢子(neutral spore)或单孢子，有性繁殖在大多数物种 中未曾发现。有性繁殖时，果胞具有原始受精丝;精子由营养细胞重复分裂形 成。受精后，合子核经减数分裂，再分裂成果孢子。
真红藻纲，藻体为丝状体、假膜体或膜状体，由一个或多个顶端细胞分裂而 成，细胞间具有孔状联系，无性繁殖产生四分孢子，普遍具有有性繁殖。有性繁 殖时，其果胞具有高级分化的受精丝，1个精子囊里只形成1个精子。受精后， 合子核要经过转变，往往到达特别的辅助细胞，发育成果孢子体，产生果孢子; 果孢子萌发成孢子体;孢子体再形成四分孢子囊，产生四分孢子，第一次分裂为 减数分裂。放散出的孢子萌发成配子体。