轮虫分布很广，大多世界性分布，仅少数种类分布狭窄。多数是淡水环境 最常见的底栖生物之一，湖泊、池塘、江河、溪流、温泉、以及暂时性小水体都有 轮虫存在。严格的海洋轮虫大约只有50种，多生活于沿岸浅海区，真正的大洋 种类稀少，只有鼠轮虫属Ratulus和疣毛轮虫属Synchaeta的个别种分布于外 海区。有些轮虫生活于潮湿的陆地环境。影响轮虫分布的因素往往不是地理， 而是环境因素。在世界各地同类型生境内多具类似的轮虫区系。
大多数轮虫营底栖生活。真正浮游生活的种类不多，多见于大型水体的敞 水带。有些种类兼营浮游和底栖生活，一般只生活于沿岸带，如臂尾轮虫 Branchionus是以浮游生活方式为主，也行底栖生活。有些种在其他生物的体 表生活(epizoic)，如海轮虫Seison在叶虾Nebalia的鳃上营寄生(共栖?)生活。 还有少数种类生活于自身分泌的管中。
单巢纲的休眠卵和因高度浓缩而进入假死状态的蛭态纲轮虫具很强的耐 旱能力，有历经27年仍能复活的记录，是多数轮虫呈世界性分布的主要原因。 能够借助风力、鸟类、昆虫及其他动物的迁徙而散布到世界各地，一旦进入水环 境，数小时内便可复苏。轮虫还具有耐低温能力，可在液氦(-272℃)中保存， 在冰封数年的南极湖泊中也能形成种群。
轮虫个体虽小，但具重要的经济意义。我国的四大家鱼在人工繁殖时期， 仔鱼入塘前要先行肥水，其主要目的便是繁育轮虫等作为仔鱼开口时的饵料。 在海水养殖中褶皱臂尾轮虫Branchionus platicalis是海水鱼类工厂化育苗不 可缺少的饵料生物。该轮虫常见于海边非永久性的积水洼内，适应性很强，适 于大规模人工培养，最大培养密度可达5 000个/毫升以上。