海洋犹如陆地，既有高山，也有深沟，生态环境差异很大，如岩礁海岸、泥沙滩的潮间带、珊瑚礁、阴暗的深海底等，经长期的自然选择，这些生态环境都有适生的贝类种群。为了保护这些贝类，根本办法就是保护好这些贝类栖息地免遭人为破坏。
尤其是珊瑚礁，在海洋中其功能犹如陆地上的热带雨林，生物之间的群落结构十分复杂，贝类的生物多样性也十分丰富，破坏珊瑚礁会使许多生物物种消失。在珊瑚礁海区收集贝类，不仅要保护珊瑚，还要控制捕获量，以免破坏珊瑚礁生物间的食物链，例如大法螺取食海星，而海星取食珊瑚，如果过度捕杀大法螺，有可能引起海星大发生，从而给珊瑚礁带来灭顶之灾。
因此，凡是贝类栖息之地，都要进行保护及控制捕获量; 同时，不能随意向大海倾倒污水等废物，使贝类有一个良好的栖息环境。