大多数鱼病的发生，都是由病原体的传染或侵袭引起。因此，预防鱼病必须从控制和消灭病原体入手。虽然鱼类都是在水中感染病原体，但病原体的来源是多方面的，可以从水源、饵料、各种动物、工具及鱼本身带入池塘。因此采取综合预防措施，在饲养过程中采取药物预防十分重要。
1.鱼种消毒
清塘消毒过的池塘，若放养不经消毒处理的鱼种，就把病原体带进去，一遇条件适宜便大量繁殖而引起发病。因此从“以防为主”出发，切断传染途径，在苗种分塘换池，大水面放养前，都应该进行鱼体消毒，预防鱼病的发生。在鱼体消毒前，应认真做好鱼体病原体的检查工作，从病原体的不同种类，分别采取不同的药物进行鱼体消毒处理，才能得到预期的效果。鱼体消毒采用药物浸洗法：
(1)漂白粉消毒：用10～20克/米3的漂白粉(含有效氯30%)水溶液浸洗鱼种。消毒的时间视水温高低、鱼的游动情况灵活掌握，一般为10分钟左右。漂白粉浸洗消毒能防治细菌性皮肤病和鳃病。
(2)漂白粉和硫酸铜合剂消毒：每立方米用漂白粉10克和硫酸铜8克，分别溶解后再混合，浸洗20～30分钟(水温10～20℃)，可防治细菌性皮肤病和鳃病。
(3)高锰酸钾消毒：浸洗浓度为20克/米3，视水温和鱼的耐受程度，浸洗10～20分钟。防治猫头鳋病、指环虫病和三代虫病。
2.饵料消毒
病原体往往能随饵料带入，因此投放的饵料必须洁净、新鲜，最好能经过消毒。植物性饵料可用6克/米3漂白粉溶液浸泡20～30分钟，动物性饵料采用活的或新鲜的，洗净即可。肥料每500千克加120克漂白粉，消毒处理后投放入池。
3.食场消毒
除了经常注意投饵量和每天清洗食场外，在鱼病流行季节进行食场消毒，是一种有效的防病措施。常用的消毒药物有两种：
(1)漂白粉消毒法：用漂白粉对食场消毒可用挂篓或洒药的方法。
(2)硫酸铜和硫酸亚铁合剂消毒法：为了预防寄生虫病，在发病季节定期在食场悬挂硫酸铜和硫酸亚铁合剂(硫酸铜和硫酸亚铁的比例是5∶2)的布袋。洒药法是药品加水溶解后泼洒在池塘边和食场水面。
4.工具消毒
养鱼用的工具常常是鱼病传播的媒介，特别是在发病鱼池使用过的工具，未经消毒处理就在其他鱼池使用，常将病原体带入其他鱼池，使该鱼池有暴发鱼病的危险。因此，在发病鱼池使用地的网具、鱼筛、木桶等，必须进行消毒处理后才能使用;大型工具每次用完后应在阳光下晒干后再用;小型工具消毒可用硫酸铜10克/米3或高锰酸钾20克/米3浸泡10分钟以上。
5.鱼病流行季节前的药物预防
大多数鱼病的发生都有一定的季节性。多数鱼病常在4～10月这段时间流行。因此，掌握鱼病的发生规律，针对不同疾病的发生季节，在鱼病发生前定期进行药物预防，对控制鱼病的发生会起到很好的作用。
(1)体外鱼病的药物预防：体外鱼病的预防，主要采用全池遍洒法。预防体表细菌性疾病，常用漂白粉，用量为1克/米3，每隔15天左右泼洒一次，可预防烂鳃病、白头白嘴病、赤皮病等;也可用生石灰化水泼洒，每667立方米用生石灰10～15千克，不但可防治鱼病，还有改良水质的作用。预防体外寄生虫病，如车轮虫、隐鞭虫、中华鳋、斜管虫等病，可每月泼洒一次硫酸铜和硫酸亚铁合剂，用药量为0.7克/米3。对单殖类吸虫或寄生甲壳动物，如锚头鳋、指环虫、三代虫等，可每半月或一月泼洒一次敌百虫，用药量为0.2～0.5克/米3。
(2)体内鱼病的药物预防：体内鱼病的药物预防，主要采取内服法。方法是根据养殖鱼类患病情况，将不同的药物加入配合饲料中投喂。但应注意，药饵的投喂量，应比平时正常投喂量略少，以保证药饵能全部被采食。同时，在投喂药饵时，应比较慢地投喂，尽量均匀地将药饵撒向鱼群，使所有的鱼均有抢食药饵的机会。
对细菌性鱼病的预防，可用土霉素、氟苯尼考、甲砜霉素。用法用量为：土霉素 2～10毫克/千克体重，拌饲投喂，连喂3～5天;氟苯尼考和甲砜霉素，均为5～15毫克/千 克体重，拌饲投喂，连喂3～5天。
在肠炎病流行前半个月或暴风雨之后，可投喂诺氟沙星或氧氟沙星预防肠炎。用药量为：诺氟沙星30毫克/千克体重，拌饲投喂，连喂3～5天;氧氟沙星10毫克/千克体重，拌饲投喂，连喂3～5天。鲤鱼、草鱼每次可只投喂药饵，不必再投喂其他饲料;青鱼在投喂药饵前，先喂45%～50%未加药的饵料，然后再投药饵，这样既可保证青鱼吃饱，又可保证吃到药饵。
用大蒜制成药饵，先将大蒜去皮，按3%～5%的比例加入饲料原料中一并粉碎，制成药饵，对预防细菌性烂鳃病和肠炎病也有一定效果。
6.生态防病
鱼生活的水环境既包括鱼生活所必需的饵料、溶氧、一定的水温、水质等，同时也含有对鱼类有害的病原微生物和其他水生生物。当鱼、环境(理化因子变化等)、致病病源三者之间的关系处于平衡状态时，鱼在水中能正常地生活。如果失去了某一方面的平衡，鱼类就可能发病。
从总体上讲，病原决定着疾病的发生和疾病的基本特征，在鱼病的发生中起着主要作用。然而，环境可以促进或阻碍疾病的发生和发展，是诱发鱼类疾病的重要条件。由于鱼、环境、病原之间相互依存、相互制约，有机结合成为一个复杂的生态系统，所以保持水环境生态系统的平衡，或创造有利于鱼类生长的生态因子，将能达到预防或减少鱼类发病的可能性，这就是生态防病。
池塘养鱼并不是产量越高效益越好，而是如何找到产量和效益的最佳契合点，也就是如何根据自身的条件，确定最佳的放养量和放养密度。既要有较高的产量，又要使水中的饵料、溶氧等保持在水体的负载力之内，这样才能获得产量和效益的同步增长。
水库和湖泊开展网箱养殖投饵性鱼类，当养殖规模较大时一般都会有这样的感受，即第一、二年鱼病发生相应较少，随着养殖时间的延续，鱼病的发生大大增加。这也可以说明生态防病的重要性。当刚开始进行网箱养鱼的第一、二年，水库、湖泊的水质较好，环境条件较优越，病原体的危害相应较少，随着养殖时间的推移，加上一些地方养殖规模失控，有机物大量沉积等造成水质的逐步恶化，水环境的变化更加有利于病原微生物的繁殖和生长，常常导致暴发性鱼病的发生和缺氧死鱼。因此，网箱养鱼要保持健康和长久发展，一要注意规模的总量控制(通常根据生产水平、年库水交换次数等，控制在400～1 000亩水面投放一亩网箱);二要合理规划养殖区域，在一个地方养殖一段时间后要换一个地方，这样既有利于鱼体处于较好的生态环境，又有利于原养殖区域鱼类排泄的粪便等有机物的自然分解。
在稻田养鱼的发展中，利用稻田中的杂草可作为草鱼种的饵料，而鱼排出的粪便又可作为水稻的肥料。这种稻鱼共生的环境，不仅可使每亩稻谷增收10%左右，还可获得 10～15厘米的鱼种300～500尾。在这种稻田环境中，饵料新鲜、充足，水稻的吸收等减 少了水体中有机质含量，使水体水质清新、溶氧量较稳定，形成了有利于草鱼生活的有利生态环境条件，加上放养密度大大低于池塘养殖，因此，草鱼在养殖过程中，流行病基本上很少发生。据测算，稻田环境中，单位水体中的产气单胞菌和假单胞菌两属的细菌总量只有池塘水的一半，这就大大减少了鱼类受感染的可能性。稻田中草鱼感染车轮虫等病的感染率和感染强度也均比池塘的草鱼低，而且感染的机会随着时间的延长和鱼体的增长而减少。