鱼体检查是正确诊断鱼病的关键环节。鱼体检查有目检和镜检等方法，一次检查3～5尾，注意区分是单独病原体致病还是多种病原体复合感染。鱼体检查的主要部位是体表、鳃、内脏。目检是用眼睛仔细观察各部位有无充血、发炎、溃烂、变色、黏液增多、粗糙、肿胀、小点、畸形等。镜检是在干净的载玻片上加一滴清水(检查体表时，淡水种类用自来水，海水种类用清洁的海水;检查内部组织器官时均用生理盐水)，然后将要检查的黏液、组织或病虫害放入水滴中，盖上盖玻片。先用低倍镜观察，然后再用高倍镜观察。
采用显微镜检查患病机体，即可对鱼类寄生虫病作出诊断，但要鉴定寄生虫的种类时，还需要进行寄生虫的染色、解剖、切片、培养并查明其生活史。
1.目检
目检就是用肉眼观察鱼体，这是野外调查与生产实践中最常用的方法，通过目检，找出患病部位的各种症状或一些肉眼可见的病原体，为诊断鱼病提供依据。诊断鱼病应采取由表及里的方法，即先检查鱼体外部，再检查鱼体内部;每一部位的检查，都是先用肉眼检查，然后用显微镜检查。着重检查病鱼的体表、鳃、内脏。
体表检查时，将病鱼或刚死不久的鱼放入白色瓷盘中，按顺序从头部、嘴、眼、鳃盖、鳞片、鳍条等部位进行仔细观察，根据表现出来的症状来分析辨别，并将观察到的症状联系起来加以综合分析。检查体表时据一般经验，病鱼体表充血、发炎、鳞片脱落是赤皮病;若病鱼鳃盖或鳍基部充血，表皮充血不明显，肌肉呈点状充血或块状淤血是出血病;病鱼腹部膨大，肛门红肿呈紫红色，轻压腹部有乳黄色液体流出是肠炎病;尾柄及腹部两侧有火烙样的红斑或表皮腐烂是打印病;生有棉絮状的白色物是水霉病;体表黏液较多并有小米粒大小、形似臭虫的虫体是鱼鲺病;体表有白色亮点，离水2小时亮点消失是小瓜虫病;体表有白色斑点，白点之间有出血或红色斑点是卵甲藻病;部分鳞片处发炎红肿，有红点并伴有针状虫体寄生是锚头蚤病;鱼成群在池水表面或池塘周边狂游，且头部充血呈红色，死亡多且迅速，一般是车轮虫病;病鱼尾柄表皮发白是白皮病;病鱼在水中头部或嘴部明显发白，离水后不明显是白嘴病;鱼下唇突出呈簸箕口状，则是因经常缺氧浮头引起;病鱼眼球突出、脱落，且鳞片松立，一般为池水有毒所致;鱼体呈弯曲状是池水中重金属离子含量较高或有机磷中毒所致。
鳃检查的重点部位是鳃丝，先对鳃部外观进行检查，看鳃盖是否张开，再用剪刀剪去鳃盖，观察鳃片的颜色是否正常，黏液是否较多，鳃片上有无异物或寄生虫，检查鳃有无异样，正常的鳃丝整齐、紧密，呈鲜红色。鳃丝腐烂发白，尖端软骨外露，并有污泥和黏液是烂鳃病;鳃丝发白呈贫血状，很可能是鳃霉病或球虫病;鳃丝末端挂着像蝇蛆一样的白色小虫是中华鱼蚤病;鳃部浮肿，鳃盖张开不能闭合，鳃丝呈暗淡色是指环虫病;鳃丝呈紫红色并伴有大量黏液多为有机氯中毒所致;鳃丝呈紫红色，黏液较少则为经常缺氧浮头所致。
内脏检查应以肠道为主。先将病鱼一侧的腹壁剪去并注意不损伤内脏，观察是否有腹水和肉眼可见的大型寄生虫，再观察各内脏的外表有无异常，最后用剪刀将咽喉部的前肠和靠近肛门的后肠剪断，取出内脏放白瓷盘中，将肝、胆、鳔等器官逐个分开，再将肠道从前至后剪开并分为前、中、后三段。正常的鱼肠管中充满了食物或粪便，肠壁呈鲜红色。除去粪便与食物，仔细观察肠道中有无寄生虫或其他病症。肠管全部或部分充血呈红色，肠壁不发炎是出血病;充血发炎且伴有大量乳黄色黏液是肠炎病;肠道呈白色且前段肿大，肠内壁有许多白色絮状小结节为球虫病或黏孢子虫病。
目检是以症状为依据，在检查时要认真仔细，全面分析，并做好记录。根据检查所掌握的有关情况，在目检的同时再结合镜检，再结合发病季节进行综合分析，就可以比较准确地确定病原、诊断鱼病，以便对症下药防治，收到药到病除的效果。
2.镜检
显微镜检查是诊断鱼病的重要方法之一。有些鱼类病原体肉眼看不清或根本看不见，必须借助于显微镜、解剖镜或放大镜来诊断。如白头白嘴病是由细菌引起的，其症状是头、嘴发白，但又往往与车轮虫病并发。而患车轮虫病的病鱼中，有时也会有个别病鱼头部或嘴部出现轻微的灰白现象，容易被误认为是白头白嘴病。通过镜检，就能作出正确的诊断。镜检的方法是从病变部位取少量的组织或黏液置于载玻片上。如是体表和鳃的组织或黏液，应加上少量普通水，是内脏组织则用生理盐水。然后盖上盖玻片，并稍加压平，于显微镜下进行观察(一般需制2～3块玻片)。先用低倍镜检查，当发现有虫体构造看不准时，再换中倍镜或高倍镜检查。玻片从左到右，移下一小格，再从右往左，自上而下周而复始地移动，直至整个玻片看完，记下寄生虫的种类和数量。少量寄生虫并不引起鱼病，但若随意在一个玻片上观察3个视野记数，平均每个视野有20个左右，就应引起注意。一般几十微米大小的寄生虫(如鞭毛虫)用高倍记数，几百微米的寄生虫(如车轮虫)用低倍记数。
总之，在整个调查过程中，应把调查到的材料，结合鱼病流行季节、各阶段发病规律进行分析比较，找出其原因，作出诊断，然后根据各种病的防治方法，对症下药，将治疗情况做好记录，及时总结。