鱼苗培育期较短，从鱼苗下塘到拉网分塘一般只有20天左右的时间。在这期间，鱼苗的新陈代谢十分旺盛，生长速度快，体长、体重均有极快的增长，这就要求水质条件“肥、活、嫩、爽”，生态环境优越，满足鱼苗生长的需要。在生产实践中，往往由于清塘不彻底、水体过滤不严格、鱼苗携带寄生虫等问题，使鱼苗在培育期间，各种寄生虫病害不时发生，给鱼苗培育带来损失。
1.车轮虫病
车轮虫病是近年来鱼苗培育期较常发生的一种病害，病原为车轮虫属和小车轮虫属中的各种车轮虫类。车轮虫一般寄生在鱼苗的鳃和体表上，并分泌大量黏液，使鱼苗的头部和体表呈现出一种白翳，与细菌性白头白嘴病的症状类似，病鱼在水体中十分明显。大量感染时，鱼体消廋，离群独游，逐渐衰弱，最终死亡。在池塘面积小、水位较浅、放养密度大、水质过肥、使用未发酵的有机肥的水域内，车轮虫病最容易发生。
(1)预防：首先要彻底清塘，采用生石灰清塘法杀灭寄生虫及其虫卵;在肥塘时，要采用充分发酵的有机肥;池塘进水要严格过滤，保持水质清爽;定期施用微生物制剂改良水质，保持水域生态环境良好。
(2)治疗：根据药物供应及病虫危害，可采用以下任一种方式进行治疗：一是采用车轮虫杀、轮虫清等专用药物杀灭;二是采用0.2毫克/升的晶体敌百虫溶液全池遍洒;三是用苯扎溴铵溶液全池泼洒，用量为0.15毫克/升。
鱼药对寄生虫的杀灭一般需进行两次，即用药后隔日再施用一次。在鱼苗池用药时，宜在上午投喂完进行，并严格计算用药量，以免对鱼苗产生药害。
2.斜管虫病
淡水鱼类的鱼苗阶段都易感染斜管虫病，尤其是草鱼、鲢鱼、鳙鱼等鱼类的鱼苗。如果在培育前期感染，会造成鱼苗大量死亡。病原体为斜管虫属的鲤斜管虫。斜管虫侵袭的部位是鱼苗的体表和鳃瓣，病原体侵袭时，鱼苗受刺激而分泌大量黏液，造成呼吸困难、食欲减退、鱼体消廋，衰竭而亡。斜管虫感染速度极快，从发现个别病原体到大量感染仅2天左右的时间，并能造成鱼苗严重死亡。
预防同车轮虫病。
根据药物供应及病虫危害，可采用以下任一种方式进行治疗：一是用硫酸铜和硫酸亚铁合剂(5∶2)全池泼洒，使水体药液浓度达到0.7毫克/升，硫酸铜与硫酸亚铁应分别充分溶解后再混合泼洒;二是用益生虫净0.3毫克/升全池遍洒，隔日再泼洒一次纤虫净0.2毫克/升，药剂应用水充分稀释后再泼洒，以免造成局部水域产生药害;三是用苯扎溴铵溶液0.15毫克/升全池泼洒，根据鱼苗在池塘中的状况，隔日再泼洒一次，以巩固疗效。
3.口丝虫病
口丝虫病是鱼苗培育早期易发生的一种病害，病原体为漂游口丝虫。口丝虫对草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲤鱼、鲫鱼等鱼类的幼苗都能感染，在有病原体的池塘内，鱼苗下塘3～4天就会感染。一旦发现个别鱼苗发生口丝虫病，一般2天后就会出现大批鱼苗死亡。这种病害发展快、传染性强、鱼苗死亡率高，危害严重。口丝虫大量感染的鱼体，体表分泌的黏液较多，鱼体可见暗淡的小斑点，在体表形成一层蓝灰色的黏液，游动迟缓，身体廋弱，逐渐衰竭而亡。
防治方法同斜管虫病。
4.指环虫病
由指环虫属的一些指环虫类寄生于鱼苗鳃部而感染的一种病害，对多种淡水鱼的幼苗均能感染。病原体感染鱼苗后，病鱼体色变黑、十分廋弱、食欲减退、鳃丝黏液较多、鳃瓣呈灰白色、鳃盖张开不能闭合，鱼苗呼吸困难、游动缓慢、不摄食，体质衰弱，终至死亡。
(1)预防：同车轮虫病。
(2)治疗：一是用0.3毫克/升的晶体敌百虫溶液全池遍洒;二是用晶体敌百虫和面碱合剂(1∶0.6)按0.1～0.2毫克/升的浓度全池遍洒;三是用益生虫净、纤虫清等全池遍洒，用法同斜管虫病;四是全池泼洒鱼虫净或指环杀星等杀灭指环虫的药物。
5.三代虫病
病原体为三代虫属的一些种类，如鲩三代虫、秀丽三代虫、鲢三代虫等。初期感染三代虫的鱼苗，时而在水中狂游，时而在塘底侧翻，极度不安;大量感染时，鱼体分泌较多的黏液，病鱼食欲不振、鱼体消廋、色泽黯黑、游动缓慢，逐渐衰竭而亡。当三代虫大量寄生于鱼苗眼部时，会造成鱼眼角膜混浊，直至失明。
防治方法同指环虫病。
6.复口吸虫病
由复口吸虫属的一些种类引发的病害，如湖北复口吸虫、倪氏复口吸虫、匙形复口吸虫等。这种病最显著的特征是造成鱼苗的眼睛变白或脱落，成为“瞎眼病”或“掉眼病”，并造成鱼苗大量死亡。复口吸虫一般活动于水体的上层，鲢、鳙鱼类的鱼苗最易感染。
防治方法：因为复口吸虫需通过中间寄主椎实螺才能完成发育，所以消灭椎实螺，切断其生活史，是预防复口吸虫病的有效方法。一是彻底清塘，鱼苗池要干池曝晒10天左右，每亩施用生石灰150千克，彻底杀灭椎实螺及其他病原体;二是对椎实螺多的池塘采用草把捞取法，把水草扎成把，放于池塘下风处，每天早上用网具捞取，连续多天，能起到一定的预防效果;三是采用0.7毫克/升的硫酸铜全池泼洒，隔日一次，泼洒硫酸铜时需在晴天的上午进行，要防止鱼苗遭受药害，还要防水体缺氧。
7.侧殖吸虫病
病原体为日本侧殖吸虫，以寄生于鱼体肠道内的方式危害。当侧殖吸虫寄生于鱼苗体内时，由于鱼苗个体过小，会造成鱼苗肠道机械性堵塞，影响鱼苗摄食和消化，使鱼苗闭口不食。患病鱼苗的症状为体色发黑、体质廋弱、生长停滞、游动无力、积聚于池塘下风处，被称为“闭口病”，发病3～5天后就会大量死亡，有时死亡率高达80%。鱼苗一旦发病，就会造成严重损失。
防治方法同复口吸虫病。另外，在鱼苗可以摄食配合饵料时，在饵料中添加适量的晶体敌百虫进行驱虫，每万尾鱼苗用药15克左右，混拌均匀后投喂，每天一次，连喂3～5天。
8.小瓜虫病
由小瓜虫属的多子小瓜虫侵袭鱼体而引发的病害。小瓜虫幼虫侵入鱼苗皮肤或鳃部表皮组织后，吸取鱼体营养，使鱼的鳃丝等坏死，影响呼吸而使鱼死亡。当小瓜虫寄生于鱼体皮肤和鳍的时候，使寄生部位布满白色点状囊泡，称之为“白点病”。
(1)预防：放养鱼苗前彻底清塘，尤其要彻底消灭带虫鱼类;放养前对鱼苗进行检验检疫，不从有虫源的鱼苗厂家购买鱼苗;对鱼苗池的用水彻底消毒，以防在注水的同时小瓜虫随水进入池塘。
(2)治疗：一是使用辣椒粉与生姜片合剂，每亩每米水深使用辣椒粉210克、干的生姜片100克，用25千克水煮开20分钟左右，加水全池泼洒;二是施用硫醚沙星，按说明剂量施用，有一定的治疗效果。
小瓜虫病较难治疗，应当以预防为主，采取综合预防措施，以免在鱼苗培育期间发生小瓜虫病。