生物预防是指在养殖水体中和饲料中添加有益的微生物制剂，调节水产养殖动物体内外的生态结构，改善养殖生态环境和养殖动物胃、肠道内微生物群落的组成，增强机体的抗病能力和促进水产养殖动物的生长。在养殖水体中泼洒有益的微生物制剂，可以调节养殖环境中的微生物组成和分布，抑制有害微生物的过量繁殖，加速降解养殖水环境中的有机废物，改善养殖生态环境。在饲料中添加有益微生物制剂，可通过改变动物消化道中微生态结构，而达到预防疾病的目的。人们将这些有益的微生物制剂称为微生态制剂，利用微生态制剂预防疾病，是水产养殖动物疾病预防的重大发展，对推动健康养殖和生产清洁食品具有重要的现实意义。
1.微生态制剂的种类 微生态制剂又称微生态调节剂，是一类根据微生态学原理而制成的含有大量有益菌及其代谢产物的活菌剂。具有维持生态环境的微生态平衡、调节动物体内微生态失调和提高健康水平的功能。目前，在我国应用的微生态制剂其菌种主要有光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌、酵母菌。另外，还有反硝化细菌、硫化细菌等一系列菌种。
目前市场上销售的微生态制剂除光合细菌、芽孢杆菌外，大多为复合菌剂，即采用上述菌种中的几种混合而成。也有一些厂家生产的微生态制剂采用的是经过基因改造的工程菌。目前，在水产养殖上作为环境修复剂应用较多的是光合细菌和芽孢杆菌。
2.生物预防的作用
(1)拮抗与免疫激活作用：有益微生物能通过竞争作用调节宿主体内菌群结构，包括竞争黏附位点、对化学物质或可利用能源的争夺以及对铁的争夺。有的有益微生物在生长过程中产生抑菌物质，有的有益微生物具有免疫激活作用，是良好的免疫激活剂，能增强养殖动物的非特异性免疫的活性。还有的能防止有毒物质的积累，从而保护机体不受毒害。
(2)微生态的平衡作用：健康动物体内的微生态平衡会由于病原体的入侵、环境因素的变化等原因而被破坏，如果破坏程度超出了养殖动物的适应能力，会使养殖动物的免疫力下降，导致营养和生长障碍以及疾病的发生。这时，补给适当的有益微生物，会及时使微生态环境得到修补，让动物恢复健康状态。
(3)促生长作用：饲用有益微生物不仅能提高对病原菌的抵抗力，预防疾病的发生，还具有促进其生长的作用。作为饵料添加剂的许多有益微生物，其菌体本身含有大量的营养物质，同时随着它们在动物消化道内的繁殖、代谢，可产生动物生长所需要的营养物质，还可产生消化酶类，协助动物消化饵料，提高饵料的转化率。
(4)水质调节作用：光合细菌具有独特的光合作用能力，能直接消耗利用养殖水体中的有机物、氨态氮，还可利用硫化氢，并可通过反硝化作用除去水中的亚硝态氮，从而改善水质。有益微生物进入养殖池后，可以参加水体最基础的物质循环，把有机物降解为硝酸盐、磷酸盐和二氧化碳等，为单细胞藻类的生长繁殖提供营养;而单细胞藻类的光合作用又为有机物的氧化分解、微生物及养殖动物的呼吸提供溶解氧，构成一个良性生态循环。
3.生物预防的应用前景 生物预防虽然进行的时间很长，但被大规模应用到水产养殖业上却是近年来的事情。国内目前主要在高密度集约化养殖中应用较多，池塘养殖中主要应用在对虾养殖。由于微生物产品的特殊性和养殖条件的复杂多样性，使得生物预防的应用效果存在一定的不稳定性。随着菌种筛选技术、产品加工工艺的不断完善，生物预防的应用会逐步得到更多人的认可。更为重要的是，生物预防在改善水产动物的品质方面具有抗生素、消毒剂等化学药剂无法比拟的优势。如今，全球都在提倡健康养殖，这给生物预防在水产养殖上的广泛应用提供了难得的契机。