免疫学在鱼类疾病控制上的应用，正在迅速发展。但与免疫学在其他方面的应用相比，仍有很大的差距，这与鱼类免疫的特点有关：鱼类的病原体与人或其他养殖动物的病原体不同，有许多属于条件致病菌，且水体中病原体的种类较多;鱼类是变温动物，其非特异性免疫与特异性免疫机制受外界环境变化的影响较大;鱼类抗体分子与人或其他动物疾病中最为有效的已知抗体不同;鱼类疫苗有效的给予途径存在较多困难等。虽然有诸多的不利影响，但随着养殖设施的完善，养殖条件和养殖技术的提高，特别是健康养殖和清洁生产的开展，免疫学在鱼类养殖上的应用越来越被人们所重视。
1.人工免疫 免疫预防，简单地说就是调动动物体自身的防御能力，防止病原体的入侵、繁殖和扩散传播，以维持自身体内环境的稳定，达到动物体健康的过程。通常是采用人工自动免疫的方法，增强动物体的自身免疫能力，以达到预防疾病的目的。人工自动免疫是将人工制成的疫苗、菌苗、瘤苗、类毒素或细胞免疫制剂等，接种到鱼体上，使鱼类自身产生对相应疾病的防御能力。用病原苗制成的抗原制剂称为菌苗，用病毒、立克次体制成的抗原制剂称为疫苗。有的将两种通称为疫苗。用肿瘤组织制成的抗原制剂称为瘤苗。细菌的外毒素经0.3%～0.4%的福尔马林处理后，毒性消失而免疫原性仍然保留，即为类毒素。细胞免疫制剂有干扰素和转移因子等。
(1)疫苗的种类：自从Duff(1942)研制成功预防硬头鳟疖疮病的疫苗以后，国内外已陆续研制成功一批渔用疫苗，绝大部分是由生物制品厂生产商品化疫苗。
1)鱼类病毒病疫苗：①传染性胰脏坏死病的灭活疫苗、减毒疫苗、多肽疫苗和基因工程疫苗。②传染性造血组织坏死病的灭活疫苗、减毒疫苗和基因工程疫苗。③斑点叉尾
癌疹病毒病的减毒疫苗和灭活疫苗。④病毒性血症的灭活疫苗和减毒疫苗。⑤鲤春病毒血症的减毒疫苗。⑥草鱼出血病的组织浆疫苗、灭活疫苗和弱毒疫苗。
2)鱼类细菌病疫苗：①鲑、鳟、鳗鲡、鲤等鱼类类结疖病的灭鲑产气单胞菌灭活全菌苗、菌体成分苗和减毒疫苗等。②鲑、鳟、鳗鲡、鲤、香鱼、罗非鱼等鱼类的弧菌病的鳗弧菌单价、多价灭活全菌苗和菌体成分苗(脂多糖)。③淡水鱼类的细菌性败血症的嗜水气单胞菌灭活全菌苗、菌体成分苗和弱毒菌苗。④鲑、鳟鱼类红嘴病的鲁克耶尔森菌灭活全菌苗。⑤鳗鲡、斑点叉尾的爱德华菌病的迟钝爱德华菌灭活全菌苗、菌体成分苗。⑥草鱼、鲤、鳜等鱼类细菌性烂鳃病的柱状嗜纤维菌灭活全菌苗、菌体成分苗。⑦草鱼细菌性烂鳃病、肠炎、赤皮病的组织浆疫苗(又称土法疫苗)。
土法疫苗的制备：取患有典型症状病鱼的肝、脾、肾等病变组织，用清水冲洗后称重，用研钵磨碎，加5～10倍的生理盐水，成匀浆后用两层纱布过滤，取滤液。将滤液经60～65 ℃恒温水浴灭活2小时后，加入福尔马林使其最终浓度为0.5%，封口后，置4 ℃冰箱中保存。做安全及效力试验后即可使用。
3)鱼类寄生虫病疫苗：预防各种淡水鱼类小瓜虫病的多子小瓜虫灭活全虫疫苗和虫体成分苗。
(2)疫苗接种的方法：鱼类免疫预防成败的关键是如何将疫苗接种到养殖动物体内。通常采用的接种方法有注射法、口服法、浸泡法和喷雾法等。
1)注射法：将定量的疫苗直接接种到养殖动物的体内，免疫效果较稳定，疫苗的用量较少。但此法也存在操作不便、容易损伤受免疫的养殖动物，在养殖生产中实施注射法有一定的困难。
2)口服法：具有操作简便、对受免疫的动物造成的应激性刺激较小等优点。但是，此法接种的疫苗进入水产动物的消化道后，可能受消化作用的影响而失去其免疫原性，而且需要的疫苗量较大。已有试验结果表明，口服法接种能否成功，关键在于能否制备出一种在水产动物消化道内容易吸收，而其免疫原性又不被破坏的疫苗。
3)浸泡法：这是对鱼类免疫接种中应用最为成功的一种方法。此法具有操作简便、对受免疫动物的应激性刺激比注射法小和疫苗用量较口服法少的优点。目前，已进入商品化生产的渔用疫苗大多采用了浸泡接种的途径。浸泡法接种分高渗浸泡法和直接浸泡法两种。①高渗浸泡法是先将受免动物放入高渗溶液中浸泡处理，然后再放入疫苗液中浸泡。②直接浸泡法是不经高渗处理，直接将受免动物放入疫苗液中浸泡的方法。现在，人们采用浸泡法接种时，几乎都是采用直接浸泡法。
4)喷雾法：疫苗进入受免动物的途径和机体产生免疫应答的机制与浸泡法相似，但与浸泡法相比，还需要一定的接种设施方能进行。因此，这种方法在实践中较少使用。
2.免疫激活剂的应用 免疫激活剂根据其功能的不同可分为两大类：一类是能增强鱼类的特异性免疫机能;另一类是能增强由疫苗诱导的特异性免疫机能(又称为佐剂作用)。目前，研究较多的是前者。免疫激活剂的种类较多，已证实对鱼类具有免疫激活作用的种类主要有福氏完全佐剂、植物血凝素、葡聚糖、左旋咪唑、壳质素、维生素C、生长激素和催乳素、FK-565(从橄榄灰链霉素菌的培养液中分离的EK-156合成的物质)、EF-203(利用微生物对鸡蛋清发酵而获得的物质)、ETE和HD(从海产无脊椎动物中分离的具有杀菌和抗肿瘤作用的物质)等。免疫激活剂可以激活鱼类的非特异性免疫机能。在鱼类疾病预防中，适当地利用免疫激活剂，通过激活鱼体自身的非特异性免疫潜能，具有重要的现实意义。