1.有效性 为使患病机体在短时间内尽快好转和恢复健康，以减少生产上和经济上的损失，用药时应选择疗效最好的药物。高效、速效、长效是水产药物选择的发展方向。
2.安全性 药物或多或少都会有些副作用或毒性，因此在选药时，既要看到它治疗疾病的一面，也要看到它引起不良作用的一面。有的药物疗效虽好，但是毒性太大，选药时不得不放弃，而改用疗效较好、毒性较小的药物。如敌敌畏，治疗甲壳动物引起的寄生虫病，杀虫效果显著，但它不仅污染水体，而且经常使用容易积累，影响机体健康，因此选药时，应选杀虫效果比它稍差的敌百虫。水产药物的安全性应考虑：药物对鱼类本身毒性损害、药物对水域环境的污染和药物对人体健康的影响三个方面。
3.简便性 水产药物除少数情况下使用注射法和涂抹法直接对个体用药外，绝大多数情况下是间接对群体用药，如口服法、全池泼洒法。因此，在防治某种疾病时一定要考虑操作是否方便。
4.廉价性 在鱼类疾病防治中，除观赏鱼和繁殖个体外，绝大多数用药量很大。因此，在保证疗效和安全的原则下，尽可能选用廉价易得的药物。