一般消毒指使病原丧失致病性，切断其传播途径。水产养殖中各类消毒剂 在水质清理、池底消毒、鱼虾病防治等方面都有广泛的应用。在诸多消毒剂中 寻找出一种或几种最有效的消毒剂，研究其使用效果及安全性是十分必要的。
高锰酸钾是一种强氧化剂，通过氧化病原体的活性基团而发挥杀菌作用， 破坏核酸效果较好，但极易为有机物所减弱。氯消毒剂作用机理是： 溶于水后 产生的次氯酸 (HOCl) 和次氯酸离子能渗透至微生物内部使蛋白质中氨基酸 氧化分解，破坏微生物的酶系统，进而破坏其核酸完整结构。由于它作用迅 速、便于应用，目前可作为实验室用理想消毒剂，但经其消毒处理过的物品为 避免残留应需大量清水冲洗。
其他常见的消毒剂中，由于漂白粉、三氯异氰尿酸等具有杀菌能力强、价 格低、使用方便等优点，是水产养殖中常用的消毒剂。然而，随着养殖水环境 的日益恶化，氯化消毒法的副反应和缺陷也日益明显，如氯化消毒效果容易受 到pH、水温等因素的影响，除腺病毒外，对其他病毒的杀灭力不强，长期使 用容易引起微生物产生耐药性，更为严重的是各种氯化消毒的氯系消毒剂均会 与水中有机物反应而生成具有致突变及致癌作用的三卤甲烷 (trihalomethane， THMs) 类物质。二氧化氯 (ClO2) 以其卓越的性能，已经被世界卫生组织 (WHO) 指定为惟一A1级消毒剂。
目前企业在消毒剂的使用上，安全、高效、低成本和使用简便将是考虑的 主要因素，未来的研究也将上述因素作为新型消毒剂开发的要素。