琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作为支持介质的一种电泳方法，是分离和纯化DNA片段最重要的技术，不同的DNA分子量大小及构型不同，电泳时的泳动率就不同，从而分出不同的条带。 (一)琼脂糖凝胶制备 以1%琼脂糖凝胶制备为例。称取0.5 g琼脂糖置于锥形瓶中，加50 mL1×TAE缓冲液，将瓶口盖住。加热煮沸至琼脂糖全部融化，摇匀，即成1.0%琼脂糖凝胶液 (图6-4、图6-5)。
图6-4 称取琼脂糖
图6-5 摇匀加热煮沸后的琼脂糖凝胶
(二)凝胶染色 在配制琼脂糖凝胶时，待凝胶煮沸冷却至65℃左右时，将EB染色剂直接加入到琼脂糖凝胶液中，混合均匀，10 mg/mL的EB浓缩液按每10 mL琼脂糖凝胶缓冲液中加1μL计算。 (三)胶板制备 取电泳槽内的有机玻璃内槽 (制胶槽)洗干净，晾干，放入制胶板。将内槽置于水平位置，并在固定位置放好梳子。将冷却到65℃左右的琼脂糖凝胶液混匀小心地倒入内槽玻璃板上，使胶液缓慢展开，直到整个玻璃板表面形成均匀胶层 (图6-6)，倒入板中的凝胶应该避免出现气泡，以免影响电泳结果。室温下静置直至凝胶完全凝固，垂直轻拔出梳子 (图6-7)，将凝胶及内槽放入电泳槽中，注意加样孔在负极方向。向电泳槽内添加1×TAE电泳缓冲液至没过凝胶为止。
图6-6 琼脂糖凝胶液倒入内槽玻璃板上
(四)加样 将DNA样品和上样缓冲液混合(一般取5μL DNA样品和1μL 6×上样缓冲液，用移液器反复吸取混合均匀)，用微量移液器分别将DNAMarker、样品加入胶板的样品小槽内，每加完一个样品，应更换加样枪头，以防交叉污染，加样时勿碰坏样品孔周围的凝胶，以免渗漏 (图6-8、图6-9)，加样前要先记下加样的顺序。当加样孔大时，样品上样量应相应加大，否则会造成条带浅，辨认不清楚; 反之，则应该适当减少加样量。
图6-7 凝胶完全凝固后垂直拔掉梳子
图6-8 混合DNA样品和上样缓冲液
图6-9 用微量移液器将样品加入样品小槽内
(五)电泳 将电泳仪调节选择合适的电压，凝胶板加好样后，立即通电，样品由负极 (黑色) 向正极 (红色) 方向移动 (图6-10)。当溴酚蓝移动到距离胶板下沿约1 cm处时，停止电泳。
图6-10 设置电压