由于当年稚鳖个体小，一般仅5～10克，体内贮存物质少，在较长的越冬期间消耗物质多，所以死亡率较高。当水温降至14～15℃时，就可以将稚鳖及时转入越冬池。
为了提高越冬成活率，可在越冬前将稚鳖捕出转入水位较深的幼鳖池或成鳖池，也可专门建造越冬池。稚鳖越冬池要求向阳背风，面积在300米2左右，水源方便，池底要有20厘米左右深的淤泥层，冰层以下水深要求0.5米以上。越冬池放养密度，一般可相当于饲养池放养密度的5倍左右。
有条件的地方，可将稚鳖在室内越冬。方法是在稚鳖进入越冬阶段前，全部转入室内越冬池或盆内越冬。越冬池可仿照稚鳖池的设计要求建造。盆内铺垫20厘米厚的细沙，再注入20厘米以上的水，鳖会自行钻入沙中。
稚鳖越冬要求水温在2～6℃，以3～4℃为佳。严寒天气可在室内燃炉，适当升温，使室温保持0℃以上，但升温过高会使稚鳖从冬眠中苏醒过来，不利于越冬。越冬期间，应每一个月调换一次新水，保持水质清新。