HACCP原理六要求建立有效的记录保留系统，为HACCP体系提供文件记录。事实上所有与产品安全性相关的领域都应保持记录，这是确认HACCP体系已经正确执行的书面证据，必要时可作为诉讼过程中进行辩护的资料。记录为趋势分析提供了基础(这种趋势分析有利于对体系进行不断改进)，也为可能发生的任何食品安全性事故的内部调查提供了资料。记录并不一定要有固定的格式，它可能是一系列手写的文件，例如危险分析表及CCP监测表。
必须保留的特别记录是CCP监测结果、针对每项偏离所采取的纠正措施的实施过程以及任何与CCP偏离有关的情况。
记录保留的时间随各种因素而变。首先从法律方面的因素考虑，记录的保留有一个最短的时间，这个时间可由生产所在地的国家确定。记录保留的时间还取决于产品本身的性质，例如只有2d货架寿命的三明治的生产记录与有4年货架寿命的罐头产品的生产记录，两者的保留时间是不会相同的。一般来说，关于CCP的监测记录，特别是有关偏离和纠正措施的记录需保存3～6年。ISO 9000记录保留时间的周期是3年。
要求保留的HACCP记录如下：
①HACCP计划： 作为HACCP中的重要文件，现行的HACCP计划应与HACCP计划的研究与制定过程中收集的所有资料保留在一起。因此，需将生产流程图、HACCP控制表、危害分析信息(危害分析表)、担任实际工作的HACCP小组成员的情况、各种不一致观点的记录以及纠正措施的细节都汇总起来，妥善保留。如果某些监测过程的细节可与标准或数字互相参考，则可以不随HACCP计划一起保留。一项HACCP文件集尤其是最近一期HACCP计划文集是非常有用的，在研究同类产品的HACCP计划时可以避免许多重复性工作。
②HACCP计划的修改历史： 拥有现行HACCP计划的文本固然重要，而记录并保留HACCP计划实施过程中每一步修改过程同样重要。虽然旧的HACCP计划文本应该销毁，但其原件应由HACCP小组的领导妥善保留起来。
③ CCP监测记录： 由于不便将所有CCP监测表都保留起来，因此建议每月或每季进行一次总结，保留总结记录。这份总结记录应包括关于CCP监测员、关键限值出现偏离及所采取的纠正措施、过程中所涉及的人员等方面的详细情况。
④ 保留追查/回收记录： 在CCP的偏离事件中，也许需要将产品隔离以待作出最终处理决定。假定产品已经被分发出去，就需要追查和回收。有关这些行动的记录都需要保留下来。只要追查和回收过程中所做的记录是有效的，那么这些文件会有助于对某些严重事故的调查。
⑤ 培训记录： 必须提供HACCP小组成员和职员都受过培训的证据。通常只要提供列有一张培训项目、受训者及培训人员的签名及日期的总结表即可。培训记录应包括HACCP培训、审计师培训、食品卫生培训等。保留有关CCP监测员都受过全面培训和具备准确执行任务之能力的记录，同样是有用的。同时，人力资源部也有责任保留有关培训记录。
⑥ 审计记录： HACCP审计记录的内容包括不同意见和报告。
⑦ 会议记录： 保留有关HACCP会议的结论性记录是有用的，记录的内容应指明在下次会议之前应该实施的行动以及执行这项行动的负责人。记录内容有助于HACCP小组成员统一思想，同时有助于体系的执行。
⑧ 校准记录： 所有与CCP有关的记录，包括加工和监测设备的校准记录。
⑨HACCP体系的程序： 制定一个HACCP程序性文件，有助于将有关HACCP的所有活动集合于一体。HACCP手册便是这类程序性文件。首先，它包括了由总经理签署的关于食品安全管理方面的政策，其次它列出了公司计划如何实施HACCP的细节：工程计划、HACCP总目录表及有关参考标准。只有一个HACCP计划时，通常将这些文件归纳于手册中。可将一些有用的外部联系、培训机构和HACCP审计表与数据表及其填写说明书的原件一起归纳于指南中。
管理机构通常热衷于审核有关CCP的识别及其监测过程的记录，而对有关HACCP体系方面的记录则不感兴趣。然而对那些希望利用HACCP体系作为质量体系的基础的公司来说，有关处理体系的记录也是有意义的。为了便于查找、使用，应该用系统方式保存记录，同时用标准化的形式进行记录。