工厂应有固定的水源，足够的水量及供水设施。直接用于食品生产的用水，不论地下水或自来水，必须符合饮用水标准;若使用其他水源(如江水、湖水、河水等)，应设置净水及消毒设备，使用前向当地卫生主管机关申请检验，检验合格后，方可使用，一般每年至少应重新申请检验一次，检验记录应保持一年。应指定专人每日作简易水质测定，并作记录。给水系统的水管不可采用含铅材料，因铅对人体有害，水管也不可横跨排水沟，防止万一水管破裂时，污水渗入水管内。
厂房内部的排水沟，应深浅适度并具斜度(2%～4%)，以防止逆流及淤积;水沟上按需要加活动的便于清洗的金属盖。大部分食品加工厂如乳制品厂、罐头厂、淀粉加工厂以及餐馆等排出的废水，其有机物浓度约高于家庭废水的5～10倍。对高浓度的有机物废水，应设置废水处理装置，经净化后再排出厂外。处理污水、废水的排水系统应不得污染食品及其原料、组成分、给水设备、制造设备及所用器皿。每隔半年将处理前及处理后的水样送卫生机关检验。