在生产加工过程中，食品原料首先必须符合食品卫生要求，确保食品的安全性。
(1)控制食品中的有毒物质 在食品加工过程中所选用的植物性或动物性原料都不应该含有有毒物质。食品中所含的有毒物质，一般有两种情况所造成，一是动、植物原料中本身所含有的，例如，植物中的毒蕈、白果、苦杏仁、出芽的马铃薯所含的毒素，动物中的河豚鱼所含的毒素，这些有毒物质乃是一些动、植物组织所特有的组成部分，是食品中天然存在的有毒物质;二是食品被外部环境污染而造成的有毒物质，包括有机毒素和无机毒素。
尽管人体器官具有解毒、排毒的功能，但解毒、排毒的作用和功能是有一定的限度的。因此有必要减少或降低食品中的有毒物质的含量，使其控制在对人体的最大安全量的范围内。
(2) 控制寄生虫 蔬菜、水果、鱼和肉被寄生虫污染是一个普遍存在的问题，在食品加工过程中应引起相当的重视。一些蔬菜往往因受粪便的污染而有寄生虫虫卵，在加工中如果蔬菜未洗净，且加工温度达不到要求，即可能有蛔虫卵存在。有人曾试验，将蛔虫卵放在酱油、酒、甜面酱的调味品中，经过10d之久，不但未能杀死，而且90%以上的虫卵发育成为具有感染性的虫卵。含有囊尾蚴的鱼、肉，如果加工不彻底，未煮熟而被人食用，囊尾蚴会在人的十二指肠中形成带状的成虫。因此，要在食品中控制寄生虫，首先要求食品的原料控制寄生虫的污染，其次，要在加工中严格控制食品加热的温度。
(3)无病原性微生物 人类消化道的许多疾病，属于多发或常见的疾病，就是微生物所引起的消化道传染病，其绝大多数是因为饮食不卫生而引起的。因此，食品的原料控制病原性微生物的污染是解决问题的关键所在。
(4) 其他有害物质的控制 近年来，随着工业的高速发展和社会物质文明的进步，工业“三废”的大量排放，核试验和放射能的利用，造成大气、土壤和水等污染，某些有害成分可被农作物吸收而残留在粮食和果蔬中，也可聚集在畜、禽等陆生动物和鱼、虾等水生生物体内，这些污染物一旦进入食品内部，用一般的加工手段很难将其去除。若要严格要求食品中有害化学及放射性物质不超过允许的浓度，主要关键在于严密控制有害物质的来源。
此外，在食品加工过程中，一切异物，例如金属屑、玻璃屑、煤渣、泥土、砂粒等，也应严密防止混入食品中。