农药污染食品的主要途径有：
① 直接污染农作物，如喷洒，约有10%的药液黏附在农作物的叶片上，被吸收渗入植物体内，甚至转化为毒性更强的化合物。
② 农田使用农药后，大部分农药沉积在土壤中，通过植物的根系转运至植物组织内部，农药吸收量的多少，往往与其根系发达的程度有关。以花生、胡萝卜、马铃薯的吸收率较高。
③ 喷洒农药可污染空气、土壤、水体。漂浮在大气中的农药，随雨水又回到土壤、水域中，土壤中的农药再经雨水冲刷流入江河湖海而污染水体，经鱼虾类的浓集作用，造成农药在水产品中大量积累。
④ 禽、畜的饲料多为农作物的皮、壳、根、茎等副产品，近70%的农药残留在这些部位，造成农药在禽、畜体内积累。蛋及乳汁中农药残留量尤其高。