黄曲霉毒素具有耐热的特点，在一般的烹调加工温度下破坏很少，即使是200℃高温加热也不能完全破坏，在280℃时才发生裂解。所以预防黄曲霉毒素食物中毒的重要措施是食品的防霉、去毒，在食品加工过程中不用霉变的食品原料及不吃霉变的食品。
(1) 防霉措施 霉菌生长繁殖需要一定的温度、湿度、水分活度及氧气。如能有效地控制其中之一条件，即可达到防霉的目的。最有实际意义的是控制食品的含水量，如粮食作物收获后迅速干燥，使稻谷的含水量降低至13%、玉米12.5%、大豆11%、干果35%、花生8%以下，即可防霉。此外，在收获、贮藏及运输过程中，保持粮谷及花生外壳的完整，对防止霉菌污染也有一定的作用。化学熏蒸剂防霉、γ射线照射、选用和培育抗霉的粮油品种等，均具有一定的防霉作用。
(2) 去毒措施
①剔除霉粒、搓洗： 这是日常生活中去毒的最好方法。凡在表面长有黄绿色霉菌或破损、皱缩、变色、变质的玉米和花生颗粒，都有可能被黄曲霉污染，应仔细挑拣剔除。被污染的大米用清水反复搓洗几遍，也可除去大部分毒素。
②碾压加工法： 由于毒素在米糠和玉米粒表皮及胚部分含量高，通过碾压加工法去掉米糠和表皮可减少毒素含量。一般适用于受污染的稻谷、玉米等。
③精炼油脂： 在玉米油、花生油中，黄曲霉毒素检出率较高，可通过加碱精炼除去大部分毒素。黄曲霉毒素在碱性条件下，可使其结构中的内酯环破坏而形成香豆素钠盐，后者溶于水，加碱后再用水洗可将毒素除掉。也可将活性白陶土或活性炭等吸附剂加入植物油中搅拌后静置，可去除毒素。
④微生物去毒： 近年来发现无根根霉(Rhizopus arrhizus)、米曲霉(A.oryzae)、橙色黄杆菌(Chromobacterium)等有去毒作用，但同时食品中的营养素也被菌体消耗，故实际应用尚待进一步研究。
⑤紫外线照射、微波加热处理、盐炒等： 黄曲霉毒素在高温下被破坏，也可取得良好的去毒效果。
加强食品卫生监督，限制黄曲霉毒素B1在食品中的含量，我国食品卫生标准规定：玉米、花生油、花生及其制品中黄曲霉毒素B1不得超过20μg/kg，大米、其他食用油中不得超过10μg/kg，其他粮食、豆类、发酵食品中不得超过5μg/kg，婴儿代乳食品中不得检出。
为了安全起见，在食品加工中，不得使用霉变较重而又无法去除其毒素的食品原料，也不能用霉变而又未经去毒处理的粮食、饲料喂养家禽、家畜，否则经食物链可能引起人类的食物中毒。研究证明，牛乳中如含黄曲霉毒素，往往是乳牛食用了受污染的饲料的结果。