(1) 细菌总数 食品中的细菌总数通常是以每克、每毫升或每平方厘米食品表面积上的细菌数目来表示的，不考虑细菌的种类。
在许多国家的食品卫生标准中，都采用了细菌总数这一项指标，规定了各类食品菌落总数的最高允许量。我国现在也规定了许多食品中菌落总数的允许限量。检测食品中细菌总数至少有两方面的意义： 第一，它可以作为食品被污染程度的标志。从食品卫生观点来看，如果食品中细菌数越多，则病原菌污染的可能性就越大;当细菌仅少量存在时，则病原菌污染的可能性就会降低或几乎不存在。当然，食品中细菌污染的数量并不一定代表食品对人体健康的危害程度，但它却可反映食品的新鲜程度及食品生产、贮藏和销售过程中的卫生措施和管理情况。因此，它是判断食品卫生质量方面的一项重要指标。第二，食品中细菌总数越多，则食品污染程度越严重，腐败变质速度越快。因此，它可以用来预测食品存放的期限。如在0℃条件下，每平方厘米细菌总数约为106个的肉类能保存5d，而细菌总数为103个，就可延长至11d。
但是，有些食品，如腐乳、发酵乳等发酵食品，本身是通过微生物的作用而制成的，不能单凭细菌总数来确定其卫生质量。因此，对某些食品的新鲜度和卫生质量的评定，除测定食品中的细菌总数外，还应结合大肠菌群和其他检验项目，才能作出比较正确的判断。
(2)大肠菌群 大肠菌群是在人及温血动物肠道内生存的一类能发酵乳糖而产酸和产气的革兰氏阴性杆菌，包括大肠杆菌(大肠埃希氏菌属细菌)和类大肠菌(包括柠檬酸杆菌属、肠杆菌属和克雷伯菌属细菌)，一般无病原性。
大肠杆菌因普遍存在于肠道内，若在肠道以外的环境中发现，就可以认为这是由于人或动物的粪便污染所造成的，有粪便污染也就有可能有肠道病原菌存在。这种含有大肠菌群的食品被认为是不安全的。当然，有粪便污染，不一定就有肠道病原菌存在，但即使无病原菌存在，只要有粪便污染的水或食品，总是被人们认为是不卫生的。所以，大肠菌群或大肠杆菌作为粪便污染的指标菌，是评定食品卫生质量的又一项重要依据。
食品中大肠菌群数在我国目前采用发酵管试验法来测定，其结果以每100g或100mL食品中大肠菌群的最近似数来表示(即MPN法)。如大肠菌群数小于3，则表示食品中大肠菌群很少或几乎等于零。
近年来，有研究指出将肠球菌也列为反映粪便污染的指标菌。因为大肠杆菌是嗜温菌，在5℃以下的温度，基本上不能生长，因此不适于大多处于低温的水产食品，尤其是冷冻食品，故以肠球菌作为粪便污染的指标菌，则可弥补以上的不足。
(3)病原菌 病原菌是严重危害人体健康的一类微生物。从食品卫生的角度来看，各种食品中不能有病原菌存在。目前，虽然检验食品中病原菌的方法有多种，但检验效果尚不能令人满意，其原因主要有： ①现有的检验食品中病原菌的方法还存在一定的局限性，不能仅借助一种或少数几种检验方法将多种病原菌全部检出; ②食品的种类繁多，加工贮藏等条件不一样，致病菌的菌种和污染数量也不一样，在绝大多数情况下，污染食品的病原菌的数量一般不会太多，在一般检验过程中往往检测不出来。因此，在检验食品中的病原菌时，通常只是根据不同食品的特点来选择一定的病原菌作为检验的重点对象，如蛋粉、冷冻禽类、肉类食品等，常明确地规定沙门氏菌是必须检验的对象;酸度不高的罐藏食品，肉毒杆菌是必须检验的重要项目。目前食品中经常检出的致病菌有沙门氏菌属(Salmonella)、变形杆菌属(Protues)、副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、致病性大肠杆菌、金黄色葡萄球菌(S.aureus)及志贺氏菌(Shigella)等。