微生物资源开发有着广阔的前景。微生物不但种类繁多，而且代谢产物中往往含有对人体有特殊功能的营养成分。微生物菌体蛋白质含量高，有些菌体的蛋白质含量高于大豆和鱼粉，且必需氨基酸齐全。可利用单细胞蛋白，以补充人类蛋白质资源的不足。
(1) 螺旋藻 属于蓝藻门、蓝藻纲、段殖藻目、颤藻科中的螺旋藻属。通常所说的螺旋藻是指螺旋藻属中形体较大的纯顶螺旋藻(Spirulina platensis)和极大螺旋藻(Spi-rulina maxima)。螺旋藻呈丝状螺旋形，一般为多细胞圆柱状。藻丝宽约5～10μm，藻体可因含藻红素和藻蓝素量的不同分别呈蓝绿色、黄绿色或紫红色。螺旋藻的营养成分以干基计通常为粗蛋白60%，粗脂肪4%，粗纤维4%，碳水化合物16%，粗灰分4%，水分5%，呈现蛋白质含量高、脂肪含量低的特点。螺旋藻蛋白质完全水解，所含氨基酸种类齐全，赖氨酸、亮氨酸、苏氨酸、苯丙氨酸含量分别约为每100g干藻中含4.1g、6.2g、3.4g、3.2g。胡萝卜素、维生素E和维生素C的含量约为每100g干藻中400mg、4mg、8.8mg。B族维生素的种类和含量亦十分丰富。螺旋藻开发的一个新品种是富碘螺旋藻，意义重大。
(2) 食用菌 如草菇、平菇、香菇、木耳、猴头菌、银耳、茯苓等，都是传统的食品加工品种。另外，松茸、竹荪、狼肚等，也是极具开发价值的食用菌。
(3) 食用鲜酵母 其特点是富含蛋白质、各种维生素等多种营养成分。干酵母菌体的化学组成为粗蛋白约47%，粗脂肪4%～5%，粗纤维约0.8%，碳水化合物31%，矿物质4%，水分5%，各种维生素含量为(mg/100g)：硫胺素5.3、核黄素4.5、吡哆醇33.4、烟酸41.7、泛酸37.2、生物素2.3、叶酸21.5等。由于酵母更多的是供应食用，所以酵母生产从营养要求高、生产难度大、产率不高的啤酒酵母转向易培养的营养价值很高的产朊假丝酵母。
近年来，以烃类代替糖类作为培养细菌或酵母的碳源，其效果很好，得到的菌体中蛋白质含量可达到60%～70%，营养价值也较高。但用石油工业副产物即石油烷烃替代糖类作为主要营养源生产食用酵母时，石油烷烃中往往混有毒性物质，特别是多环芳烃，可能具有致癌性，所以此项技术的应用有待于毒理实验的完成和国际标准的制定。