库存控制是生产过程中另一重要控制环节。库存控制主要指对原材料的采购、生产过程中原材料的供应、原材料与产品贮备及有关运输方式或渠道方面的控制。在采购原材料方面，应该何时采购?采购多少?这里既有运输费用问题，又有贮存费用问题。一般来说，在原材料的库存方面，既要做到能及时得到所需原材料，保证生产顺利进行，又要使运输费用和库存费用降到最低。库存控制的主要任务就是根据生产需求和供应情况，确定订货提前期、订货点和订货量。库存控制的目的，就是通过各种控制方法，确定最合理、最经济的库存量，以免因库存量过多而造成积压，影响资金周转;而原材料或产品库存量太少，又会造成货源短缺，影响生产和市场供应。简单常用的库存控制方法有定量控制法和定期控制法。
定量控制法，就是每次订购量一定，当物资库存量降到一定程度时，及时组织订货，使经常贮备再次建立。由于物资消耗速度不同，因此，订货的时间间隔也不同，必须及时掌握物资消耗情况，提出适时、适量订货，以保证生产需要。
定期控制法，是指订货时间间隔固定，订货数量以物资入库后使贮备恢复到最大值为原则。当消耗速度慢时，订货量小于经常贮备定额;当消耗速度快时，要消耗一部分保险贮备，订货量大于经常贮备定额。
以上两种控制库存的方法各有其优、缺点。定量控制法，订购批量和订货点固定，可根据消耗情况及时组织订货，对库存变化反应较敏感，能进行有效地控制。但对市场的依赖性较强，在市场条件较差时，具体操作难度较大。再者，各种物资的订购批量和订货点不同，难于联合订货，因而订货的组织工作较复杂。这种方法适宜于资金占用量大的重要物资的库存控制。定期控制法，由于订货时间固定，易于对各种物资组织联合订货，但对库存变化反应较迟缓，需较多的保险贮备，且当生产情况发生较大变动时(如产品转型)，物资供应不能及时适应生产需要。这种方法较适宜于一般物资的库存控制。
和其他行业不同的是，大部分食品原料都存在易腐败变质、保存期短、季节性强的特点，因此，食品工厂的库存控制不能机械地套用常规的方法，而要结合原料本身的特点，灵活地应用合适的控制方法。例如乳制品厂的原料乳不仅要冷却到5℃以下贮存，而且贮存期一般不能超过48h。为了保证工厂连续生产的需要，一般工厂总的贮乳量应保证不少于1d的处理量。而罐头食品厂的果蔬原料的特点是季节性强，贮存条件要求高，生产季节性也很强。因此，果蔬原料库存控制的关键在于降低库存费用和延长贮存期之间的协调。
食品工厂也可以选用日本企业界创造的“及时法”，即需要某一种原料时就能及时获得这种原料。实行这种方法需要生产部门制定出何时需要何种原料，需要多少等方面的具体而准确的计划。但这种方法对供货者的密切合作的要求很高。
物资库存计划系统、运筹学中的库存模型等方法也都是食品企业可以选用的。
物资需求计划(Material Requirement Planning，MRP)，也称物资库存计划，是把生产系统与物资供应系统的间接联系变为直接联系的一种计划方式。它可根据生产的具体要求，准确地提出任何一种所需的物资应何时进货、何时订货、进货和订货量多少。这种方法的优点是：可以统一考虑所需的各种原材料的比例、预订时间、货物到达时间等都能达到最理想的程度。目前，国外许多大公司都是采用MRP法进行库存控制，通过计算机系统自动控制来完成。