食品工厂生产污水中BOD5、CODcr、SS含量较高，一般而言，BOD5在400～2000mg/L，CODcr在800～3000mg/L左右，所以必须对所排放的污水进行处理，达到国家或行业所规定的排放标准或地区所规定的纳管标准才能排放。
一般而言，食品工厂的排水系统宜采取污水与雨水分流排水系统，即整个厂区根据污废水、雨水的性质，分为两个排水系统。
① 雨水排水系统： 包括雨、雪降水及可以不经处理的清洁生产、生活废水。
② 污水排放系统：包括需经处理才能排放的生产、生活污水，该系统在室内可分别设置排水管道(粪便污水可设化粪池，厨房含油污水可设隔油池)，排至室外后可进入同一污水管道系统，送至污水处理站。
根据污水处理工艺的选择，可将污水排放系统按污水的污染程度再细划分为高、中、低三套排水系统，即采用清浊分流制，分别排至污水处理站分质处理。