食品是供人类食用物品，其安全卫生与人类生命息息相关。所以食品工厂的设计在严格执行工程建设的强制性标准同时，还必须严格遵守国家食品法令、法规中有关工厂设计和设施卫生的规定。这包括了厂址选择，厂区内、外环境，总平面布置，设备，建筑结构，上、下水系统，送风、排气系统，废物处理，卫生设施等。
2002年3月，国家质量监督检验检疫总局第20号令发布了《出口食品生产企业注册登记管理规定》，凡在中华人民共和国境内生产、加工、贮存出口食品企业，必须取得卫生注册证书或卫生登记证书后，方可生产、加工、贮存出口食品。国家认证认可监督管理委员会(以下简称国家认监委)主管全国出口食品生产企业卫生注册登记工作。国家质量监督检验检疫总局设在各地的直属出入境检验检疫局负责所辖地区出口食品生产企业的卫生注册、登记工作。国家认监委根据出口食品的风险程度，公布和调整《实施出口食品卫生注册、登记的产品目录》，(详见表1-3)。规定中要求申请卫生注册的出口食品生产企业在按照《出口食品生产企业卫生要求》建立卫生质量体系后进行评审，对于列入《卫生注册需评审HACCP体系的产品目录》(详见表1-4)的出口食品企业，其评审依据为《出口食品生产企业卫生要求》和国际食品法典委员会《危险分析和关键控制点(HACCP)体系及其应用准则》。
所以出口食品生产企业在新建、扩建或改建前，应向所在地的直属检验检疫局申请选址、设计的卫生审查，审查合格方能施工。
表1-3 实施出口食品卫生注册、登记的产品目录
一、注册产品目录
| 分类号 | 产 品 类 别 |
| Z01 | 罐头类 |
| Z02 | 水产品类(不包括活品和晾晒品) |
| Z03 | 肉及肉制品 |
| Z04 | 茶叶类 |
| Z05 | 肠衣类 |
| Z06 | 蜂产品类(不包括蜂蜡) |
| Z07 | 蛋制品类(不包括鲜蛋) |
| Z08 | 速冻果蔬类、脱水果蔬类(不包括晾晒品) |
| Z09 | 糖类(指蔗糖、甜菜糖) |
| Z10 | 乳及乳制品类 |
| 分类号 | 产 品 类 别 |
| Z11 | 饮料类(包括固体饮料) |
| Z12 | 酒类 |
| Z13 | 花生、干果、坚果制品类(不包括炒制品) |
| Z14 | 果脯类 |
| Z15 | 粮食制品及面、糖制品类 |
| Z16 | 食用油脂类 |
| Z17 | 调味品类(不包括天然的香辛干料及粉料) |
| Z18 | 速冻方便食品类 |
| Z19 | 功能食品类 |
| Z20 |
食品添加剂类(专指食用明胶) |
二、登记产品目录
注册产品目录以外的食品。
表1-4 卫生注册需评审HACCP体系的产品目录
| 序 号 | 产 品 类 别 |
| 1 | 罐头类 |
| 2 | 水产品类(活品，冰鲜、晾晒、腌制品除外) |
| 3 | 肉及肉制品 |
| 序 号 | 产 品 类别 |
| 4 | 速冻蔬菜 |
| 5 | 果蔬汁 |
| 6 | 含肉或水产品的速冻方便食品 |
2003年7月，国家质量监督检验检疫总局第52号令发布了《食品生产加工企业质量安全监督管理办法》，规定“从事食品生产加工的企业(含个体经营者)，必须按照国家实行食品质量安全市场准入制度的要求，具备保证食品质量安全必备的生产条件，按规定程序获取食品生产许可证，所生产加工的食品必须经检验合格并加印(贴)食品质量安全市场准入标志(QS)后，方可出厂销售。”在“食品生产加工企业必备条件”中明确了企业必须具备保证产品质量安全的生产设备、工艺装备和相关辅助设备，具有与保证产品质量相适应的原料处理、加工、贮存等厂房或场所，严格防止生食品与熟食品、原料与半成品、成品的交叉污染。国家质检总局授权省级质量技术监督部门组织开展本辖区食品生产许可证的受理、企业必备条件审查、产品质量检验和食品生产许可证发证工作。2002年7月国家质检总局印发了大米、小麦粉、食用植物油、酱油、食醋等5类食品生产许可证实施细则;2003年7月，又宣布了肉制品、乳制品、饮料、调味品(糖和味精)、方便面、饼干，罐头，冷冻饮品，速冻面、米食品，膨化食品等10类食品实施食品质量安全市场准入管理。各级质量技术监督部门根据《食品质量安全市场准入审查通则》和相应的每一大类食品的《生产许可证审查细则》进行审查，并经省级质量技术监督部门审核上报，由国家质检总局公告。
以上国家质检总局的第20号令、第52号令对出口食品企业和内销食品企业都强调了食品质量安全准入市场，规定中的生产加工企业必备条件及卫生要求与我们的食品工厂设计密切相关，如除了设备及设施的选择要符合安全卫生之外，还必须考虑以下几方面。
在总图设计中要求功能分区明确，人流、物流通畅无交叉，工艺流程要合理，生区、熟区要分清，原料、半成品、成品之间无交叉污染。
公用设施在厂区的位置则是影响工厂环境卫生的重要因素，如锅炉房位置、烟囱高度、污水处理工艺流程及污水处理站的位置、压缩空气站的进风位置等等是否选择合适。
食品生产中的原材料和半成品不可避免地要和水蒸气、压缩空气等直接或间接接触，因此设计中要求生产用水的水质必须符合国家规定的饮用水标准或按生产要求有更高的给水标准。与物料或产品接触的冷却循环水需消毒除菌。直接用于食品的蒸汽应不含有危害健康或引起污染食品的物质，包括蒸汽管材的选择及采取蒸汽过滤装置。直接用于食品发酵的压缩空气应是无油、无菌等。
总之，如果设计不符合食品工厂的卫生要求，通不过有关部门的卫生审查，则为不合格的设计。