1.基础设施、设备方面
我国水产养殖业尤其是工厂化养殖过程所用的设施条件还不够完善，机械化、自动化程度不够高，水处理设备落后，基本为流水式开放系统。国外的先进工厂化养殖采用微机控制技术，一切水质监测管理和饵料投喂均为自动化。例如，年产25万尾100克鱼种的育苗场，仅有1名工作人员，在我国生产同样数量的鱼种，需要10人左右才能完成。
2.养殖技术方面
目前我国海淡水养殖技术普遍落后，海淡水养殖鱼类普遍用的是天然饵料及人工粗配制的饲料，饲料利用率低、浪费严重，造成渔场老化、水质污染严重。天然饲料极易传染疾病病原，饲料来源不稳定。国外大多采用转化效率高的人工优质配合饲料，饵料系数低，不易传染疫病，饵料供应来源稳定，受自然因素影响的程度低。
3.管理方面
我国水产养殖业管理落后，表现为病害比较严重，养殖环境污染程度高，特别是海水养殖品种及名优水产品表现突出。如福建沿海地区网箱养殖业比较发达，但由于长期管理不力、意识薄弱，造成养殖水域海底残饵及粪便堆积达半米厚，令人吃惊，造成该地区养殖产量急剧下降，水质污染长期得不到缓解。又如渤海湾，长期以来一直是中国对虾的产地，但由于同样对养殖管理疏忽，造成对虾产量一蹶不振。当地政府目前已经意识到这一问题的严重性，正积极采取措施进行整治。管理方面落后于国外发达国家的原因主要是：
(1)对养殖品种的养殖生物学、生态学的基础理论研究薄弱，盲目追求高产。
(2)环境控制手段落后，水产药物使用混乱，某些水产药物残留问题严重。疫苗开发落后，特别是海水养殖的品种，如贝类的疾病难以用疫苗预防。
(3)饲料技术在海水养殖中，除对虾以外，大多数养殖品种的营养和饲料研究薄弱。
(4)海水养殖及名优水产品养殖的抗逆品种选育工作几乎是空白，养殖健康管理急需推广和普及。
4.环保意识方面
国外发达国家的水产业把水产养殖与环境保护紧密结合起来，注重人类生存环境与水产养殖的协调，早已形成安全、优质养殖意识，并且在这方面的研究工作起步也很早。我国的水产业普遍还处于粗放型养殖状态，养殖户的素质普遍还比较低，不注重养殖技术的提高，并且环保意识不够，安全、优质养殖的概念根本得不到体现，一味蛮干，从而导致目前我国水产业低迷的状况。