按人类所希望的遗传性状 (生长快、食性杂、抗病力强、耐低温或高温、繁殖力旺盛等)，培育海产鱼类品种或品系，使之保持稳定，繁衍后代。
海产鱼类育种不但落后于农业、畜牧业育种，即使在鱼类中也落后于金鱼、鲤等淡水鱼类的育种。原因是海产鱼类生产主要靠捕捞海上自然种群，人工繁育的历史很短之故。1887年英国的戴(Fr.Day)等进行过溯河鲑鳟鱼类人工育种的基础研究。其后，1935年加拿大的福斯特(R. E. Foerster)，1955年瑞典的阿尔姆(G. Alm)，1962年日本的藤田经信等对海产鲑鳟科许多种类进行过杂交，有取得子二代 (F2)的事例，但育出品种者较少。历史上，采用传统方法育种者较多，周期较长，用生物工程技术育种者尚少(见鱼类育种)。
选种
美国唐纳森 (L. R. Donaldson)从1944～1968年用连续选择法对虹鳟溯河亲鱼群经6代混合选择，培育出2龄亲鱼(♀)平均尾叉长达60.4厘米(原为36.3厘米)、平均产卵数1万余粒(原为1653粒)的品种，称为唐纳森虹鳟。90年代初，日本作为外海网箱养殖对象，试养成功，成活率、生长速度、肉质均优于虹鳟。1961年唐纳森等还对放流用大鳞大麻哈鱼进行选择育种试验，成长率等多种性状都有提高(见鱼类选择育种)。
杂交
海产鱼类最早的育种手段。早期限于鲑鳟鱼类异种、异属间杂交。大西洋鲑(♀)×河鲑(♂) 的杂交，曾取得F2。苏联帕夫洛夫(I. S. Pavlov) 在库页岛从1953年开始放流驼背大麻哈鱼(♀)×大麻哈鱼(♂)的杂种，第三年成熟上溯，收到了效益。60年代日本疋田豊彦等(1964)取得上述两种的杂交种，其孵化率达93%以上，稚鱼生长良好，死亡率低。70年代日本进行了�、紫�、 黄条�种间杂交， 取得了杂种一代(F1)，部分得到F2自交杂种;80年代又进行了真鲷不同地理品系 (日本、韩国、香港地区) 的杂交，大鳞大麻哈鱼和银大麻哈鱼的杂交，也育出优于亲本或具双亲优良性状的后代(见鱼类杂交)。
染色体倍数育种
包括： ①单倍体育种。日本通过马苏大麻哈鱼雌核发育技术生产全雌幼鱼，提高了降海型幼鱼的生产效率。并已确认全雌化降海幼鱼的回归。进入90年代，日本用人工雌核发育生产商品价值较高的全雌鱼类已有20种，如牙鲆等。1982年小野里坦还利用静水压法获得人工雄核发育二倍体马苏大麻哈鱼，但成功率较低，仅1.5%左右(见鱼类雌核发育、鱼类雄核发育)。②多倍体育种。80年代以来世界各国学者利用染色体操作技术，对人工诱发三倍体鱼进行了广泛研究。诱导同源多倍体是人工诱发鱼类三倍体的简便作法。1984年日本长崎县采取低温处理法(将受精卵浸入0℃海水1小时)，培育出三倍体牙鲆仔鱼3000尾。1985年将其中300尾放入海上网箱养殖2年，体重达1千克，为二倍体牙鲆的1.4倍，成活率也较高。利用异源三倍体可提高杂种的存活率，增强抗病性。早在1972年珀德姆(C.E.Purdom)将鲽(Pleuronectes platessa)×川鲽(Platichthys flesus)杂交卵进行低温处理，取得人工诱导三倍体，杂种的生长好于二倍体。将虹鳟(♀)×大麻哈鱼(♂)杂交，经高温处理也曾获得异源三倍体。80年代末，在英国、法国、美国、日本等国曾获得大西洋鲑和细鳞大麻哈鱼等海产鱼类的三倍体。三倍体鱼由于其生长、抗病、肉质等性状均优于二倍体鱼，在海水鱼养殖事业发展上有其重要意义(见鱼类多倍体育种)。
基因转移育种
随着分子生物学的发展，20世纪80年代以来，世界各国在鱼类基因工程研究中已取得不少成果。1980年加拿大学者研究了美洲拟鲽的抗冻蛋白基因，使鱼类抗冻育种进入分子水平。1985年日本高桥明义报告：用遗传工程方法，通过基因重组，由大肠杆菌批量生产大麻哈鱼生长激素，促进了大麻哈鱼、真鲷、虹鳟、河鲀等品种的生长。1986年法国的乔劳特(Chourrout)用显微注射技术，已将含有人的生长激素的质粒注射入硬头鳟受精卵，并检查了外源生长激素基因在虹鳟基因组上的全部情况(见鱼类基因转移育种)。