鱼类对蛋白质的消化吸收能力较高，对动物蛋白质的消化吸收率一般都在90%以上。对植物蛋白质的消化吸收率稍差，但对豆类蛋白质的消化吸收率也较高，多在70%～80%。在一定程度上，饲料蛋白质含量越高，蛋白质的消化吸收率也越好。蛋白质消化吸收率可因鱼的生长阶段不同而有差别，稚鱼期低于成鱼期。鱼类对蛋白质消化吸收率的情况可见表9-2-5、表9-2-6。如果饲料中蛋白质含量下降，碳水化合物含量升高，蛋白质的表观消化率就会下降，而其真消化率几乎不变。脂肪含量对蛋白质消化率几乎没有影响。饲料中难于消化物含量的提高，会降低对蛋白质的消化率。饲料中的含水量升高会降低蛋白质的消化率。饲料中蛋白源颗粒越细，消化吸收率越好。
表9-2-5 几种水产动物对不同蛋白源的蛋白质消化率 (%)
| 鱼类 | 蛋白源的消化率(%) | 鱼类 | 蛋白源的消化率(%) | 鱼类 | 蛋白源的消化率(%) |
| 青 鱼 | 血粉92.19 鱼粉89.30 肉骨粉89.16 饲料酵母90.50 酪蛋白97.90 脱脂蚕蛹粉82.40 豆饼粉93.1 豆粕96.76 棉籽饼86.29 菜籽饼86.42 花生粕(带壳)88.93 玉米胚芽饼94.64 玉米粉80.90 麦麸87.16 米糠80.73 苜蓿粉83.50 青草粉44.20 | 草 鱼 | 玉米50.60 | 鲤 | 葵花籽饼90.08 豆粕95.00 高粱糠57.35 |
| 尼罗罗非鱼 | 鱼粉78.17 豆饼75.95 麻饼71.16 棉籽饼73.31 菜籽饼66.33 米糠62.21 鱼粉78.17 | ||||
| 中国对虾 | 花生饼70.80～97.10 大豆饼70.80～97.10 鱼粉70.80～97.10 卤虫98.26 蓝蛤97.42 熟豆饼92.03 鱼粉91.47 生豆饼89.43 FS酵母87.63 花生饼86.94 ESB酵母84.75 棉籽饼83.14 肉粉81.35 菜籽饼80.16 羽毛粉76.42 TPL-32酵母74.22 血粉73.47 麦麸72.51 玉米粉70.27 | ||||
| 鲤 | 鱼粉95.00 牛肝83～93.00 酪蛋白98.60* 鸡蛋95.00 干燥蛋黄(酒精处理)95.30* 明胶96.80* 石油酵母86.80～94.10* 大豆81.00 玉米66.00 小麦64.00～84.00 豌豆79.00 花生饼85.00 面筋91.20* 麦芽97.00 肉骨粉91.20 血粉48.35 米糠82.61 | ||||
| 草 鱼 | 鱼粉90.80 豆饼89～96.20 棉籽饼83.57 菜籽饼69.09 米糠65.30 花生饼92.00 小麦90.00 | ||||
| 中华绒螯蟹 | 鱼粉89.54 肉骨粉73.96 |
* 真消化率。
表9-2-6 斑鮰对不同饲料源的消化率和能量吸收率 (%)
| 种 类 | 粗蛋白 | 消化率 | 能 量 | 可吸收量 | 能量吸收率 |
| 葡萄糖 | 4000 | 3680 | 92 | ||
| 小麦 豆粉 棉籽粉 鱼粉 | 12.0 49.0 42.0 62.0 | 10.1 41.1 34.0 54.0 | 4230 4600 4530 4770 | 2552 2560 2670 4080 | 60 55.6 59 85.5 |
蛋白质经消化分解成氨基酸才被鱼体吸收。鱼对各种氨基酸的吸收速度不一样，其吸收速度顺序如下：甘氨酸>丙氨酸>胱氨酸>谷氨酸>缬氨酸>蛋氨酸>亮氨酸>色氨酸>异亮氨酸。L型氨基酸比D型氨基酸容易吸收，而对D、L-蛋氨酸的吸收无差别。机体对氨基酸的运送有竞争，一种氨基酸的运送可因另一种氨基酸的存在而受到抑制。如L-缬氨酸和L-蛋氨酸会抑制对L-亮氨酸的吸收。饲料中过多的赖氨酸会抑制对精氨酸的吸收。高浓度的 (100mM) L-缬氨酸对L-蛋氨酸的吸收无影响，这是因为它可以通过另一个运送途径进行。
大部分氨基酸的吸收有温度适应性。冷适应的鱼吸收氨基酸的速度比暖适应的要高，而苯丙氨酸和蛋氨酸的吸收不受温度的影响。在高温时，运送氨基酸的载体的数量和转换率降低。这是因为随着温度的升高，膜脂肪酸组成发生了变化，硬脂酸部分增加，而二十二碳六烯酸 (Docosahexenoic acid，DHA) 降低。这种变化在48h后完成，这样就影响了对缬氨酸的运送。Smith (1970) 指出，这是与氨基酸的亲脂性质有关。Read (1967) 发现，半乳糖抑制亮氨酸被肠组织吸收 (狗鱼)。Hokazon等 (1979) 发现10mM葡萄糖抑制L-赖氨酸的膜运送。
消化道不同部位对蛋白质 (氨基酸) 的消化吸收不一样。Stroband和Vander Veen (1981) 证明，用商品饲料饲养幼年和成年的草鱼，蛋白质优先在肠前部的40%～50%被吸收，而且对必需氨基酸优先进行吸收，蛋、赖、组和精氨酸在肠前部的10%处被大部分吸收，甘氨酸和脯氨酸在肠前部的10%～40%处被吸收。陈光明等 (1988) 发现，尼罗罗非鱼消化道不同部位对酪蛋白和氨基酸消化率不同，胃为65.17%和73.22%; 前肠为85.49%和90.21%; 后肠为91.02%和93.16%。Scerbina和Sorvacer (1969) 发现，精氨酸的57%、苯丙氨酸的47%在鲤肠前端的13%处被吸收，而只有3%～5%被肠后部36%处吸收。Dabrows-ki (1983) 获得了类似结果，在肠前部的20%处对营养物质的消化吸收率最高。所以投喂过频使食物很快进入吸收较差的后肠，会降低饲料的利用率。鱼肠对蛋白质和肽有一定的直接吸收能力，特别在仔鱼阶段，可对蛋白质分子行胞饮作用进行胞内消化。