疫苗具有诱导动物对某些特异的致病菌产生抗体，增强抵御病原侵害的能力。目前国际上已商业化生产供多种水产养殖动物使用的疫苗。对于水产经济动物的病害防治，传统的组织疫苗能在一定程度上控制鱼类、虾类等动物的疾病。但有时存在毒力返强而使宿主致病的现象，而且许多病毒还无法离体培养从而造成疫苗制备较为困难，这就限制了制备和应用疫苗的规模。在这种情形之下，应用重组DNA技术制备能有效抗病毒疾病的基因工程疫苗便应运而生。
基因工程疫苗是通过分离病毒中具有免疫保护性的抗原基因，与载体结合成重组DNA (recombinantDNA)，然后转入大肠杆菌或酵母菌等体外表达系统中大量生产抗原蛋白质作为疫苗。这种疫苗的优点在于： 抗原专一，避免了常规疫苗将整个病原体基因组转入接种动物而可能造成的病原体传播和危害; 可将它与其他抗病基因克隆到同一载体中再导入动物，使不同抗病功能的基因协同作用或通过基因剪接构建复合疫苗; 可应用发酵技术进行大量生产。
目前，许多国家已经制备了基因工程疫苗并在实际中应用。在水产方面，欧、美、日本等已成功地将弧菌 (Vibrio sp.)、产气单胞菌 (Aeromonas sp.)、爱德华氏菌 (Edwardsiella sp.) 等鱼类病原菌制备成全细胞灭活疫苗，并且用从菌体中提取的脂多糖 (LPS)、胞外蛋白 (ECP) 等有效抗原，制备出了单克隆抗体等生物工程疫苗并已商业化生产。Gilmore等 (1988) 从传染性造血组织坏死病毒 (IHNV) 中分离到一种糖蛋白基因G，并将其中Sau3AI片段组合到埃氏大肠杆菌中，得到一种糖蛋白抗原，该抗原具有较强的免疫原性，能有效地防治传染性败血症的感染。IHNV基因工程疫苗已获专利并开始小批量生产 (杨先乐等，1996)。我国的鱼类免疫学研究起步较晚，但发展较快。除应用组织浆和细胞培养灭活疫苗外，也正在开展诸如草鱼出血病基因工程疫苗的研究 (李亚南等，1995)。