正确地选择试验材料和育种的基础群。在我国众多的鱼类中，我们选择了鲤鱼Cyprinus carpio Lin-naeus。因为鲤鱼是重要的养殖对象，相对地说，鲤鱼还具有繁殖周期短、生活力较强等优点。在鲤鱼成效显著的杂交组合中，通过分析比较，认为荷包红鲤(Cyprinus carpio wuyuanensis) 雌与元江鲤 (C.carpioyuankinkiang) 雄较好。这是因为两者的遗传性差异大，性状能够互补，子一代的杂种优势显著。荷包红鲤和元江鲤杂交，子一代的基因型、表现型一致。子一代自交，由于基因的分离和重组，子二代性状发生分离，出现超亲遗传的新类型，它们是建鲤选育的试验材料和育种的基础群。
设计和采用适用于鱼类的测交和后裔鉴定等检测方法，严格选用纯合体 (同质体) 亲本。在配组确定之后，还必须选用纯种的亲本。除系统的选育和谱系记录外，我们对每一尾亲鱼 (broodstock) 都进行了测交和后裔鉴定，也就是不仅看亲本自身的表现，而且通过相互之间的交配和它们自交后子代的表现来检测亲本是否纯种。
图11-2-2 建鲤选育生物工程育种技术示意图
W1～W4.荷包红鲤C.carpio wuyuanensis♀1～4号 Y1～Y2.元江鲤C.carpio yuanking♂1～4号
P.亲代(parental generation)
G1.雌核发育系1 (gynogenesis line 1) G2.雌核发育系2 (gynogenesis line 2)
实行群体世代封锁，高度近交。建鲤的原始亲本，虽然与杂交鲤-荷元鲤相同，都是荷包红鲤和元江鲤，但两者的亲祖是不同的，除上述对亲本不同的要求和严格的检测选择外，在交配方式上也是显然不同的。荷元鲤是群体交配 (其他杂交鲤、杂交鱼也是如此)，而建鲤是用一雌一雄成对交配的方式，并由此父母起始建立家系。不同双亲的后代严格的进行隔离，并进行兄妹、孙子女之间的高度近亲交配 (inbreed-ing)。其目的在于利用近交快速纯合基因，淘汰不利的遗传因子 (genetic factor)。在近交的过程中，采用极高的选择强度，仅选留各世代极其少数最优秀的个体。同时，在同一近交系中的各世代及不同近交系中选择的指标必须严格一致，做到同质配种。
系间杂交。上述近交和家系选育的效果是非常好的，选择对象的表现，与我们对其性状遗传规律的研究结果和基因型的分析判断是一致的，也就是说，具备了良好的基础。为了加快育种的速度，提高选择群体的生活力和生长优势，子四代进行了系间杂交，结果是遗传性状和经济性状均十分良好。
雌核发育系技术的配合使用及横交固定。系间杂交后的群体，已具备生产应用的良好效果，且体色、体型等性状基本一致，遗传稳定性 (genetic stability)、一致性达80%以上。但作为一个品种来讲，还不够理想。为了进一步提高经济性状和遗传性状的稳定性，上述各品系与两个原始亲祖相同、选择指标一致的雌核发育系相结合，并进行横交固定，取得了显著的效果。其子代的遗传性状的稳定性和一致性达到98%以上，生产效果更好，达到和超过了预定的品种选育指标，定名为建鲤。这项工作在雌核发育的研究及应用方面也是一个新尝试。
遗传育种学与生理、生态等多学科的理论和技术的结合。鱼类是生活在水里的动物。水域生态环境、饲养管理技术对其生长发育有重要影响。鲤鱼又有自身的生理、生态和发育遗传学特点。我们重视研究鱼类上述各方面的特点，并采取多种有效的技术方法，促进了鱼类的生长发育，缩短育种周期，使建鲤选育过程中，在当地雌性2年成熟的周期，缩短为1年。