1.养殖水域污染和生态环境污染持续加剧
随着我国社会经济的迅速发展和城市化进程的加快，工业废水和生活污水的任意排放，使水域受到严重污染。海域大面积污染的直接后果，是导致水体的富营养化、赤潮灾害频发以及天然和养殖生物的大批死亡，直接威胁着水产养殖业的生存和发展。例如，渤海区的莱州湾曾发生过大批文蛤死亡，黄海区的乳山湾曾发生过大批杂色鲍死亡。目前，渤海未达到清洁海域水质标准的面积，已占渤海总面积的41.3%以上。
2.养殖生物的病害不断发生，经济效益受损
近几年，由于种种原因，较大规模的水产养殖病害不断发生，每年给国家造成几十亿的经济损失。其中以1993年以来的对虾病害损失最为严重。据有关资料显示，目前我国已发现包括病毒、细菌、寄生虫、霉菌等病原性和非生物因子引起的病害达100余种。由于水产养殖品种一旦发病，缺乏行之有效的、无毒副作用的防治药物，水产品的死亡率很高，从而制约了我国水产养殖业的发展。
3.缺乏人工选育的优良品种，生产工艺不完善
我国是海水养殖大国，但缺乏人工选育的优良品种。目前我国的主要海水养殖品种绝大多数都没有经过人工选育和品种改良，其遗传基础还是野生型，其生长速度、抗逆能力乃至品质都急需经过系统的人工选育加以改进。品种问题已是制约我国海水养殖业稳定、健康和持续发展的“瓶颈”之一。此外，我国大多数养殖场的设施、设备比较简陋，对台风、暴雪、停水、断电等缺乏必要的应急措施，从而增加了不必要的损失。
4.产品安全形势严峻，产品出口严重受阻
随着水产品供求关系的变化和人们生活水平的不断提高，人们对清理“餐桌污染”、确保食品安全的要求日益强烈。近年来，不少地区在水产养殖、水产品加工以及运销等许多方面，滥用药物和药物残留问题十分严重。据外贸部门有关方面的信息，我国水产品及加工档次低、质量差，常常因为有害物质残留超标而出现贸易纠纷、索赔等问题，从而使水产品出口严重受阻。