石花菜采收时间在6～7月，正值繁殖期。为做好增殖保护措施，应留有适量的石花菜作种菜之用。一般采用潜水捞取，上岸后拣去杂质，晒干即可。
石花菜的加工，在无冷冻设备条件下，应在冬季12月至翌年2月进行;有冷冻设备，一年四季均可加工。每千克干石花菜需加33千克水，0.5毫升硫酸(90%)，0.6毫升醋酸，所用的水必须经过软化处理，这样才能保证琼胶质量。加工过程如下：石花菜→浸渍捣晒→煮熟→用水煮沸→添加硫酸→投入最硬质的石花菜→煮沸→投入软质石花菜→停火→沸蒸12小时→第2次煮及加入原料→煮沸3小时→投入漂白粉→汲出→过滤→汲出→凝固→切断→冻结→融解→干燥→制品。