在对虾精养养殖系统中，对虾饲料中很大一部分营养物质变成废物，随水排放而流入自然水域，引起环境富营养化等不良环境影响。经过养殖的富营养化废水以及养殖池清出的淤泥，如不加处理即排入海区，必然会造成海区局部污染。池底淤泥如果直接排入公共河道，也会造成严重的污染。有些地方在淡水区养殖南美白对虾，还会发生将养虾盐水排入淡水水域的问题。因此，无公害养殖有必要对对虾养殖的排水处理作出一些规定。
(1)不得将养殖对虾的咸水排入淡水水域。
(2)虾池排水应经过沉淀沙滤池再流进天然海域。沉淀或沙滤处理池面积不得少于总养虾实用面积10%。
(3)病虾池的水应先用漂白粉3×10-5～5×10-5消毒后再排出。
(4)养殖池的淤泥等污物放入集污池，不得排放到河道及海滩上。
(5)虾塘排放出的废水BOD不得超过10毫克/升。
(6)污水处理方法。虾场排出废水的营养物质和悬浮物，可使用物理、化学和生物的方法减少悬浮物，例如通过沉淀池或经过较长的渠道自净去除。
使用常用消毒剂处理虾塘排出废水，降低虾病暴发的风险，通常的使用的漂白粉浓度是2.5×10-5～3×10-5。生物处理技术是最好的办法，主要包括生态综合养殖，例如虾场混养海藻、贝类、鱼类、海参等。海藻作为初级生产者主要用于去除可溶性的氮、磷等营养物质，例如江蓠由于其广泛适应性，已成为我国南方一种十分适宜于对虾混养的品种。牡蛎、缢蛏、扇贝、蛤类等对于养虾废水的净化，已被多次的实验所证实，可用于在大规模的养虾场去除水中的藻类和悬浮物。遮目鱼、鲻鱼、罗非鱼3种草食性鱼类在循环用水系统，被放养在蓄水池中，不但可以减少浮游植物的密度，而且对预防对虾白斑综合征有积极作用。