随着养虾面积的扩大和养虾时间的增长，造成海湾、河口污染，水质恶化，加之饵料质量低，虾病多发，使养虾的产量和质量难以提高。由于饵料、能源涨价，养虾效益不高，仍有不少亏损者。采用光合细菌净化水质养虾，可达到降低成本，提高效益的目的。
养虾池
光合细菌适用于潮上带换水条件差的养虾池。池为长方形，有效面积30～80亩不等，在各池的短边中间进水渠道一侧设进水闸门一个，在排水道一侧设排水闸门一个，闸门宽1.3～1.5米，池底向排水闸门倾斜10～15厘米，便于进水和排除池底积水。虾池水深1.5米左右，沙底好于泥底质，依据各池日换水量20～25%设计扬水站。生产中也有不少靠潮差纳水的粗养虾池，更适合光合细菌净化水质养虾。，为保护池底干净，老虾池在入冬前后彻底清除污泥杂物，每亩用生石灰150千克匀撒翻耕曝晒，促进池底氧化还原，翌年4月，再亩用量3千克漂白粉进水泡池灭菌消毒，浸泡1～2周后排干池水，每周2次换新水洗刷虾池。4月中下旬，各养虾池进水20—30厘米，施用有机肥、无机肥和光合细菌肥池，检测控制好池水各种理化因子，然后投放暂养到2.5～3厘米的大虾菌，亩放苗量0.8～1.3万尾。
技术和管理
使用光合细菌的技术内容，主要包括使用时间、用量、泼撒方法和操作技术等。经过生产应用，归纳以下三种。早期潜伏法：在分苗前10～15天，与进水肥池同时或在肥水期间，每亩用光合细菌液3～4千克，以1∶30比例和沙拌匀，撒入池底。也可将菌液稀释后均匀泼入池水中。到6月中旬后，随着水温升高，池内残饵加速了腐烂，粘附在池底的光合细菌在适温条件下，大量分解着有机质，加快了繁殖速度，这时起到改善池底和净化水质的作用，以满足对虾生长的水环境条件。此法作用时间长，净化水质效果好，在对虾工厂化育苗池、苗种暂养池和养成池中均能使用，既充当了营养饵料，又净化了池底和水质，在换水条件差、饵料质量低的养虾池中效果最为明显。在养虾过程中，6～7月份，虾池水温由18℃升到26℃左右，是对虾和适温快速生长期，此时少换水或不换水，以保光合细菌的存池量。但这段时间又是残饵、生物排泄及残骸等有机质的积累过程，并随时间增长，有机质的积累也在增加，至8月池水温度升到30℃以上，积累的有机物加快了腐烂，使池底败坏，水质恶化。在这种情况下，池中的光合细菌繁殖力强，分解有机质的能力加大，不断消除有机物的腐烂量，起到改善底质和净化水质的作用。拌饵投喂法：光合细菌是净化水质的营养菌，因而可做对虾鲜活饵料用。在对虾生长发育各个阶段，投喂时将稀释的菌液喷在饵料上，拌匀后全池泼撒投喂，使其粘在饵料上的菌体被对虾吞食，促进对虾生长。仍有一些和残饵沉入池中，在高温条件下，光合细菌繁殖快，分解着有机质和氨氮，促进池底有机物循环，消除水中有害物质，在生物、化学耗氧减少情况下，相对增加了池水溶解氧，有利对虾生长发育快。此法适用养虾中前期，每亩用菌液4～5千克，分3～4个月使用，每日最好拌饵投喂2次，使用1.5千克小喷壶，将每次所用的菌液倒入壶中，再加入2～3倍海水稀释，做到边喷饵、边搅拌、边投喂。浮头泼菌法：在养虾中期的7～8月里，由于放养密度大，饵料质量差，换水跟不上，随着水温升高，累积残饵腐烂量的增加，池中氨氮、硫化物不断上升，甚至有臭鸡蛋味道，此时水质严重败坏，对虾会缺氧浮头，若换水不及时，对虾会死亡。为防对虾浮头，在7月中旬至8月底，可直接将20倍海水稀释的菌液泼洒在虾池中，亩用量3～5千克。虾池水质尚好时，亩用量3千克，水质变坏时，亩用量5千克。泼菌前将池水排出1/3后再泼入菌液，然后加满池水，要避开高温时，最好下午排水泼菌，第2天上午纳满水。在水质败坏虾池中，采用这种方法，2～3天水质就可好转。这种办法是根据高温期虾池底质腐烂快和光合细菌繁殖快提出来使用的。8月高温季节，正是光合细菌快速繁殖时期，泼入水中的菌体能迅速大量繁殖，分解有机质和氨氮变成自身营养，在分解有机质过程中，减少了有机质的腐烂及H2S、CO2、NH4等氧化过程的耗氧量，相对增加了水中溶氧，能快速达到改善水质、防止浮头的作用。应用中池水氨氮维持在20～30毫克/米3，拂晓溶氧最低时也保持在3～4毫克/升以上，不用光合细菌的养虾池，拂晓溶氧1～2毫克/升，氨氮高达90～100毫克/米3。使用方法以潜伏法为好，它可分拌沙、拌饵和稀释泼菌法。其中稀释泼菌省工、省力、操作简便、速度快。使用时间最好在6月中旬以前。防浮头泼菌法为应急之措，晴天效果快。使用方法和时间的统一，是用菌取得最好效果的关键。