鱼种消毒是鱼病预防，提高鱼种成活率的有效措施。多年的生产实践证明，即使最健壮的鱼种，也难免带有一些病原体，特别是外购的鱼种，有的还带有地方病。因此，清塘消毒过的池塘，若放养不经消毒处理的鱼种，就会把病原体带进去。对这方面如果不注意，把关不严，鱼塘即使清塘消毒比较彻底，也往往由于放养鱼种时未经消毒，病原体遇到适宜条件，便大量繁殖而引起鱼病发生。在鱼种分池、换池、大水面放养、池塘精养时，都应该进行鱼种消毒，预防鱼病的发生。在放养鱼种时，进行鱼体消毒前，认真做好鱼体病原体的检查工作，依病原体的不同种类，分别采用不同的药物进行鱼体消毒处理，以得到预期的效果。鱼体消毒采用药物浸洗法。
将鱼体集中放在较小的容器，较高的药物浓度里，经过适当的时间浸洗。药浴时间长短，随鱼体大小，体质强弱、药物浓度、水温高低等情况而定。总的要求是在较短的时间内将鱼体表现的病原体杀死。一般讲，时间长些，对病原体的杀灭较彻底，但时间长了，水中溶氧不足，会引起鱼的浮头或死亡。所以在洗浴操作过程中要特别注意鱼的动态，到鱼出现头朝上，口张开，游动缓慢或倒卧水面，体色变成灰白等忍受不住症状时，应立即将鱼放入鱼池内。洗浴时可在木桶、船舱、帆布桶或水缸内进行。一般50千克药液可浸3厘米左右长的鱼种4000尾，使用2～3次后应更换药液，如果鱼的数量多，规格大，在桶或缸内操作不便，可在鱼池下风处用捆箱进行。由于此法捆箱与池水相通，药液容易扩散，浓度很快变淡，因此在洗浴过程中需补加药物和延长洗浴时间。洗浴完后，将捆箱放开，让鱼自动游入池中。此法比较安全，近年采用塑料布代替捆箱，克服了在捆箱中洗浴时药物浓度不好控制的缺点。