扇贝的升温育苗和常温育苗都要选择好亲贝。特别是升温育苗，亲贝一般需要20多天的人工培育才能发育成熟，选择好亲贝尤其重要。
升温育苗亲贝选择 扇贝的升温育苗以前多用壳高、体重、性腺指数等作为选择亲贝的主要指标。同一海区的同龄扇贝，个体大者往往生长发育较好。但不同海区的同龄扇贝或同一海区的不同龄扇贝却不一定是这样。因此，不能把壳高作为选择亲贝的主要指标。扇贝的个体重是其生长发育状况的禁志之一，但不同海区的扇贝或不同龄的扇贝贝壳重与体重比值可能差异较大，这样，体重也不宜作为选择亲贝的主要指标。性腺指数是个相对值，单用它作为选择亲贝的主要依据则有很大片面性。因为性腺重量大的扇贝，虽然发育较好，但如果软体部很轻，则以后的性腺发育必然会受到影响，所以这样的扇贝也不宜作为亲贝来培养。亲贝在培育过程中，软体部特别是闭壳肌中积累的营养物质要逐渐向性腺转化。但是软体重和闭壳肌重与壳高、体重有关，有些亲贝的软体部和闭壳肌虽然较重，但如果壳高和体重值也较大，仍难以判断其优劣。因此，软体重和闭壳肌重的相对值，即鲜肉率(软体重/体重×100%)和鲜柱率(闭壳肌重/体重×100%)可以作为选择亲贝的主要指标。当亲贝的鲜肉率和鲜柱率高时，即使性腺指数暂时较低，通过培养也可获得好的产卵效果。统计分析表明，鲜肉率和鲜柱率分别低于36.7%和12.2%的栉孔扇贝最好不选作亲贝，高于此值，可选作亲贝，而且鲜肉率和鲜柱率越高越好。选择海湾扇贝的亲贝，也可以此值为参考。鲜肉率和鲜柱率都可作为选择亲贝的主要指标，但用鲜柱率作为指标更好。当然，如果亲贝的鲜肉率和鲜柱率都高，性腺指数也高，个体又大，则更理想。
常温育苗的亲贝选择 当亲贝的性腺发育已基本成熟时，软体部特别是闭壳肌中的物质部分已转化到性腺，其鲜肉率和鲜柱率不可能很高。这时性腺已很发达，选择亲贝应以性腺发育状况为主考虑，但鲜肉率和鲜柱率仍是个不可忽视的指标。