室内水质处理措施 室内水是经过处理的预热池及培育池内的水。在海湾扇贝、栉孔扇贝加温育苗中，最好采用不锈钢管或铁管涂无毒环氧树脂、缠绕聚乙烯塑料纸预热。如出现氢氧化铁沉淀并吸附大量胶体物质时，可将预热水沉淀一段时间后再用。防止锅炉管道内有害物质污染，可将蒸汽充气式加热法改为盘管式，为防止重金属离子的作用，可在预热池中加1～3×10-6的乙二胺四、乙酸二钠螯合水中的重金属离子。
水质理化因子测定 水质指标由化学、物理和生物等因素决定，正常海水含有多种微量元素。这些因子超过规定指标，便会引起生物不适，造成贝类幼虫下沉死亡。目前一般育苗单位没有水质化验室及其设备，使育苗生产常处于被动局面，因此要了解水质好坏，必须进行水质的化学分析，如溶氧量、氨氮、生化需氧量、pH、盐等。特别受工业污染的育苗要进行重金属离子等测量分析。胶体物质的粒径0.001～0.1微米，在海湾扇贝育苗的预热池中常因进热管道或散热片生成水合氧化铁，形成氢氧化铁沉淀扩散于水中，会影响幼虫面盘的活动，造成幼虫下沉，解体脱落，以至死亡。这项指标比较难测，常被人忽略，应引起注意。
微生物的影响及防治 微生物的大量存在会造成水质恶化，使幼虫下沉死亡。为防止微生物对幼虫的影响在小型容器和设施中可采用紫外线照射灭菌，臭氧灭菌，抗菌素防治。生产上一般使用(1～2)×10-6土霉素、氯霉素、金霉素、青霉素等。
原生动物的影响及防治 原生动物也是水质的生物指标。在水质中查到纤毛虫和鞭毛虫，标志着育苗水质开始恶化。其分泌物对幼虫有毒性，能引起水质败坏，造成幼虫大量死亡。为了防止原生动物的存在主要应以预防为主，如过滤池的细砂层要增厚，并经常更换、冲洗;污染的饵料不能投喂等。还要根据幼虫的个体大小，选择适宜型号的筛绢进行排水倒池，将个体较小的原生动物甲壳类、桡足类幼体滤去，将贝类幼体倒入新池培育，每2天吸底1次。用0.4×10-6硫酸铜杀灭鞭毛虫、纤毛虫;用1×10-6敌百虫杀死桡足类;海生残沟虫主要来源于饵料中，可用1克大蒜汁杀灭。
光合细菌的应用 光合细菌是一种以光作为能源并以CO2和有机物质作为碳源而能繁殖的微生物。在水产上主要作用有：净化水质，改良底质。它可以吸收利用水中的有机质或硫化氢等物质，使耗氧的异营微生物因缺乏营养而转为弱势，因而降低底质之BOD(生物需氧量)，底质及水质从而被净化;可以作为扇贝幼虫的开口饵料。光合细菌个体小，一般为3微米，营养成份丰富，粗蛋白占57.95%，粗脂肪占7.91%，可溶性糖类占20.83%，粗纤维占2.92%，灰分占4.40%;可抑制细菌等微生物的繁殖。
保持优质、新鲜的饵料 投喂前一定要测量饵料密度，每毫升扁藻应在5×104个，每毫升金藻、硅藻在3×106个以上等，密度越高越好。不投喂老化、原生动物污染、密度低的饵料。投饵要少而勤，搅动均匀，防止造成局部氨氮过高，而使幼虫下沉死亡。
科学管理 在换水部位、换水量、选幼、加抗菌素、充氧与搅动、投饵、检查幼虫好坏、投放附着基等环节进行科学管理。在有条件的地方可采用流水培育、大换水和流水培育相结合，从而使幼虫始终在优质、新鲜的水环境中生长，以满足养殖生产的需要。