黄鳝的抗病能力较强，在饲养过程中很少得病，但管理不善或由于其它原因也可发生一些疾病，严重影响其生长速度。
梅花斑状病 常发生在7月中旬，黄鳝背部出现黄豆或蚕豆大小黄色圆形病斑。可在饲养池里放养一些蟾蜍(俗称癞蛤蟆)，如已发病，用1～2只(池面大，只数可多些)，将蟾蜍头皮剥开，用绳系好，在池内拖几次，1～2日后可病愈。
昏迷症 多发于炎热季节，发病时黄鳝呈昏迷状态。应先遮荫降温、再将鲜蚌肉切碎，撒入池内，可见疗效。
毛细线虫病 一种寄生虫病，发病于7月中旬，由于换水不及时或不彻底，部分黄鳝发生了毛细线虫病，经解剖黄鳝肠道后半部有乳白色小虫寄生，治疗方法：第1天，每千克黄鳝用晶体敌白虫(90%)0.2克，拌鲜河蚌肉投喂：第2天，药量减半，连治1周。
水霉病 放养初期，由于操作不慎，体表受伤而得，发现病情一面加注新水，一面用食盐和小苏打(前者每百千克水加2.5千克，后者每立方米水体用量为4钱)全池泼洒，并用2‰的孔雀石绿溶液全池遍洒直到病愈。
蛭病 又称蚂蟥病。蚂蟥吸附在黄鳝头部附近的皮肤上，引起细菌，感染，使患病黄鳝活动迟滞，食欲减退、影响生长。治疗方法：把病鳝捞起，放入90%的晶体敌白虫溶液(25千克水加一两)浸洗10～15分钟、或以10ppm硫酸铜溶液(25千克水加2.5克)浸洗5～10分钟。如发现黄鳝有发抖状态，说明浓度过高或浸洗时间过长，应立即把黄鳝捞出。
发烧 主要发生在运输过程中，由于密度大、时间长、体表粘液引起水中微生物的分解，大量耗氧，放出热量，致水温剧增(高可达50℃)，水质污染，而引起底层黄鳝缠绕成团致死(死亡率可达90%)。防治方法：在运输前进行蓄养。勤换水，使黄鳝体表、口中泥沙及腹中粪便除净，在气温23～30℃情况下，每隔6～8小时彻底换水1次，或每隔24小时放1次青霉素，剂量为25千克水里放30万单位，能收到较好的效果。